Как вы можете перебрать файл fastq с парным концом? Для чтения с одного конца вы можете сделать следующее
library(ShortRead)
strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz")
repeat {
fq <- yield(strm)
if (length(fq) == 0)
break
#do things
writeFasta(fq, 'output.fq', mode="a")
}
Однако, если я редактирую один файл с парным концом, мне каким-то образом нужно отслеживать второй файл, чтобы два файла продолжали хорошо соответствовать друг другу.
Парные файлы fastq обычно заказываются,
Таким образом, вы можете отслеживать строки, которые удаляются, и удалять их из парного файла. Но это не очень хороший метод, и если ваши данные переносятся строками, вам будет больно.
Лучше использовать информацию заголовка.
Заголовки для парного чтения в двух файлах идентичны, за исключением поля, которое указывает, является ли чтение обратным или прямым (1 или 2)...
первое чтение из файла 1: @M02621:7:000000000-ARATH:1:1101:15643:1043 1:N:0:12
первое чтение из файла 2 @M02621:7:000000000-ARATH:1:1101:15643:1043 2:N:0:12
Числа 1101:15643:1043 относятся к плитке и координатам x, y на этой плитке соответственно.
Эти номера однозначно идентифицируют каждую пару считывания для данного запуска. Используя эту информацию, вы можете удалить чтения из второго файла, если их нет в первом файле.
В качестве альтернативы, если вы выполняете качественную обрезку... Trimmomatic может выполнить обрезку по качеству/длине фильтрация парных данных, и это быстро...
