Вращает ли функция metaMDS в vegan решение ординации так, чтобы первая ось объясняла наибольшую дисперсию? Если нет, есть ли способ добиться этого?
Run 20 stress 0.09957583
... Procrustes: rmse 0.0001349268 max resid 0.0009665635
... Similar to previous best
Я также не уверен, как интерпретировать данные прокрустов. Что представляют собой значения RMSE и максимального остатка?
Спасибо!
Да, это так. Документация (?metaMDS) выражает это следующим образом:
Основные компоненты поворачивают конфигурацию так, чтобы дисперсия точек была максимальной в первом измерении.
Вывод также распечатывается, когда использовалось вращение ПК:
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling
Однако это не имеет ничего общего с прокрустовым вращением, которое используется для оценки сходства решений на этапах итерации. Ротация ПК касается только окончательного возвращаемого результата.
Об интерпретации RMSE и максимального остатка: это статистика, которая сравнивает два решения во время итерации. RMSE — это своего рода средняя разница, а max — максимальная разница. Если у вас они маленькие, две итерации дали аналогичные результаты. Чтобы увидеть, что они означают, запустите metaMDS с опцией plot = TRUE, и все вращения Procrustes будут нанесены на график при запуске результатов. Синие стрелки на этом графике показывают различия, RMSE — это усредненная длина стрелки, а максимальная невязка — это длина самой длинной стрелки. Если вы не увидите много стрелок, то два решения настолько похожи, что различий не видно.
