Я повторно активировал свой бездействующий микроэкземпляр Amazon EC2 с запущенными Ubuntu 16.04.LTS и RStudio (см. Вывод sessionInfo() ниже) (благодаря AMI от Луи Аслетт). После ssh-подключения к экземпляру AWS сначала я запустил sudo apt-get update.
Когда я попытался установить некоторые пакеты (например, xlsx и другие) в R Studio (у меня возникла ошибка из-за отсутствия Java, что, похоже, является распространенной проблемой). Я последовал советам: 1) установить зависимости (например, xlsx как rJava и xlsxjars) отдельно; 2) apt-get install r-cran-rjava как предлагается здесь. Потом проверка установленного java -version показала
openjdk версии "1.8.0_131"
Среда выполнения OpenJDK (сборка 1.8.0_131-8u131-b11-0ubuntu1.16.04.2-b11)
64-разрядная серверная виртуальная машина OpenJDK (сборка 25.131-b11, смешанный режим)
Были предложены аналогичные проблемы "ошибка загрузки rJava в RStudio / R после «обновления» до OSX Yosemite "и здесь" ошибка: невозможно загрузить установленные пакеты ...", где решение, казалось, связывало путь java с R export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_LD_LIBRARY_PATH или устанавливало R env. переменные Sys.setenv(JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server').
Однако запуск R CMD javareconf -e выявил (я полагаю) некоторые более глубокие проблемы (см. Изображение) & / или фрагмент:
R CMD javareconf -e
Java interpreter : /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_131
Java home path : /usr/lib/jvm/default-java
Java compiler : not present
Java headers gen.:
Java archive tool:
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags :
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bashс компилятором Java: нет и
conftest.c: 1: 17: фатальная ошибка: jni.h: компиляция такого файла или каталога не завершена. / usr / lib / R / etc / Makeconf: 132: рецепт для цели 'conftest.o' не удалось
Затем я нашел вопрос «как найти jni.h? ": здесь предложено лучшее решение gcc -I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include Проверка того же каталога cd /usr/lib/jvm/ и перечисление его содержимого ls --all показали:
.default-java
.java-1.8.0-openjdk-amd64.jinfo
..java-1.8.0-openjdk-amd64 java-8-openjdk-amd64
Выполнение gcc -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64/include привело к: gcc: fatal error: no input files Кроме того, я попробовал sudo apt-get install openjdk-X-jdk (он был среди предложенных ответов "как сделать так, чтобы jni.h был найден?"), но, вероятно, пакет больше не существует "Невозможно найти пакет openjdk-X-jdk".
К сожалению, я застрял и недостаточно квалифицирован, чтобы реализовать другие (казалось бы, более сложные решения). Я был бы очень признателен за помощь / вклад.
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.1 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel compiler stats graphics grDevices utils datasets
[8] methods base
other attached packages:
[1] openxlsx_4.0.17 qdapTools_1.3.1 qdapRegex_0.7.2
[4] qdapDictionaries_1.0.6 stringr_1.1.0 stringi_1.1.2
[7] dplyr_0.5.0 tm_0.7-1 NLP_0.1-10
[10] scales_0.4.0 RColorBrewer_1.1-2 ParallelForest_1.1.0
[13] doMC_1.3.4 iterators_1.0.8 foreach_1.4.3
[16] boot_1.3-18 reshape2_1.4.1 glmm_1.1.1
[19] Matrix_1.2-6 mvtnorm_1.0-5 trust_0.1-7
[22] ggplot2_2.1.0 shiny_0.13.2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] gtools_3.5.0 slam_0.1-40 lattice_0.20-33
[4] colorspace_1.2-7 htmltools_0.3.5 chron_2.3-50
[7] XML_3.98-1.7 DBI_0.5-1 plyr_1.8.4
[10] munsell_0.4.3 gtable_0.2.0 codetools_0.2-14
[13] httpuv_1.3.3 gender_0.5.1 Rcpp_0.12.7
[16] xtable_1.8-2 gdata_2.17.0 mime_0.5
[19] gridExtra_2.2.1 digest_0.6.10 grid_3.3.1
[22] tools_3.3.1 bitops_1.0-6 magrittr_1.5
[25] RCurl_1.95-4.8 tibble_1.2 data.table_1.10.4
[28] assertthat_0.1 R6_2.2.0 igraph_1.0.1 
readxl? Он не зависит от Java и, таким образом, позволяет избежать всех этих головных болей. - person cdeterman schedule 25.05.2017