Установка зависимого пакета rjava Ошибка сегментации (дамп ядра)

Я пытаюсь переустановить пакет, который я ранее мог установить и использовать. Я собирал собственный пакет после того, как мой компьютер неожиданно перезагрузился, а затем у меня начались проблемы с загрузкой пакета rpgraph. Поэтому я решил удалить его и установить заново. Когда я это сделал, я получил следующую ошибку:

library(devtools)

library(rJava)
install_github("Albluca/rpgraph")


Downloading GitHub repo Albluca/rpgraph@master
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master
Installing rpgraph
Running command /usr/lib/R/bin/R
Arguments:
CMD
INSTALL
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
--install-tests

installing source package ‘rpgraph’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,         stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =     real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,     stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,     spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :     System command error`

Я попытался переустановить JAva и запустить с нуля, но почему-то в моей системе осталось что-то, что не позволяет установить пакет. Кроме того, поскольку ошибка не очень информативна, я понятия не имею, как определить, где проблема.

Спасибо за любую помощь, которую вы можете предоставить.


person gonzalipto    schedule 21.06.2017    source источник
comment
Все, что я могу посоветовать, это поиграться с JDK, rJava и R, чтобы все стало на свои места. Если я использую этот: owsiak.org/?p=3671 и устанавливаю, как описано здесь : github.com/Albluca/rpgraph работает как положено.   -  person Oo.oO    schedule 22.06.2017
comment
@gonzalipto, у меня такая же проблема после обновления моего дистрибутива Ubuntu. У меня был предыдущий снимок моей виртуальной машины, и мне удалось воспроизвести проблему. Не могли бы вы сказать мне, используете ли вы это в Linux? Если да, то какая у вас текущая версия ядра?   -  person asuka    schedule 22.06.2017
comment
См. связанный вопрос, который предполагает, что это может быть связано с установленное ядро ​​линукс   -  person daroczig    schedule 23.06.2017
comment
@gonzalipto У меня такая же проблема с библиотекой RWeka. Вы нашли какое-нибудь исправление?   -  person Anish    schedule 28.06.2017


Ответы (2)


Я столкнулся с той же проблемой при установке библиотек vanneuler и wordnet и решил проблему, используя решение, предложенное Кеннетом. В моем случае варианта -Xss2560k было достаточно, чтобы решить:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

Кроме того: вместо запуска команды экспорта из терминала параметр java можно установить непосредственно из сеанса R с помощью следующей команды:

options(java.parameters = "-Xss2560k")

person rlar    schedule 18.07.2017

Похоже, это ошибка в последних версиях ядра, та же проблема возникает с другими библиотеками R, которые включают Java, а также другое программное обеспечение.

См. https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html и https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919.

Этот обходной путь помогает мне:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"
person Kenneth Hoste    schedule 07.07.2017
comment
У меня возникла та же проблема при установке следующих библиотек: vanneuler и wordnet (оба зависят от rjava). Я решил с предложенным решением, спасибо, что поделились. - person rlar; 18.07.2017