Я делаю график ординации NMDS в R с векторами окружающей среды с помощью envfit, и у меня отсутствуют значения в некоторых из моих переменных среды. Чтобы не исключать все строки из всех переменных, содержащих пропущенное значение в одной переменной (как в случае na.rm = TRUE), я запустил envfit для каждой переменной отдельно, но теперь хотел бы отобразить результаты на том же графике. Таким образом, мне нужно использовать аргумент arrow.mul, чтобы масштаб стрелок был сопоставим друг с другом. И здесь я сталкиваюсь со своей проблемой: расположение меток для векторов, кажется, не слушает arrow.mul, а метки остаются в исходном положении, плавая в пространстве.
Если бы кто-нибудь мог сказать мне, как заставить метки переместиться в новое место стрелки, или предложить обходной путь для отсутствующих значений, это было бы фантастически. Надеюсь, я не упустил ничего очевидного!
Вот воспроизводимый пример упрямых этикеток с использованием данных о дюнах от веганов:
data(dune)
data(dune.env)
de2<-dune.env[,c(1,2)]
ord<-metaMDS(dune,k=2)
plot(ord)
de2$Moisture<-as.numeric(de2$Moisture) #pretend this is numeric
ev<-envfit(ord,de2,choices=c(1,2))
ordiplot(ord,type="n")
points(ord,pch=16,col=c(1:4)[dune.env$Management])
plot(ev,arrow.mul=1,labels=list(vectors=c("A1","Moisture")),
col="black",cex=0.9,bg="white")#floating labels
plot(ev,labels=list(vectors=c("A1","Moisture")),
col="black",cex=0.9,bg="white")#labels are fine with no arrow.mul
plot(ev,arrow.mul=1) #default labels behave the same and float with arrow.mul
(да, я знаю, что должен научиться использовать ggplot, но предпочел бы не только сейчас, а только для этого ...)
