Как изменить графические параметры графика ордиэллипса? График Ордиэллипса обрезает данные

График Ордиэллипса, часть эллипсов показана в левом нижнем углу, другая информация не отображается

Я пытаюсь создать график NMDS с данными о видах пчел, сгруппированными по наличию/отсутствию мин. В следующей строке кода beematrix=обилие видов по участкам, а beesmine= определяет, какие участки содержат заминированные территории.

beematrix=read.csv(file.choose(), row.names = 1)
beesmine=read.csv(file.choose(), row.names = 1)
beesmatrix=as.matrix(beematrix)
beematrix=t(beesmatrix)
library(vegan)
rankindex(beematrix, beematrix)
bees.nmds=metaMDS(beematrix, distance = "kulczynski")
for (i in 1:5) print (metaMDS(beesmatrix, distance = "kulczynski", k=i, trace = FALSE)$stress*100)
bees.nmds=metaMDS(beesmatrix, distance = "kulczynski", k=3)
plot(bees.nmds)
plot.new()
ordiellipse(bees.nmds, groups=beesmine$Mine,label = TRUE)
##ordiellipse is smushed into corner of screen and is impossible to read

r plot vegan
person Amanda Dunaway    schedule 17.06.2018    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Не используйте plot.new: это разрушит предыдущий график и выдаст ошибку ordiellipse. Функция ordiellipse добавит эллипсы к существующему графику ординации, но у вас нет существующего графика после того, как вы использовали plot.new(), который уничтожает все существующее.

Что привело вас к использованию plot.new()?

person Jari Oksanen    schedule 17.06.2018
comment
Ранее у меня было сообщение об ошибке, в котором меня просили вызвать plot.new(). Я только что попробовал запустить его снова без него, и он отлично работает. Спасибо. - person Amanda Dunaway; 17.06.2018
comment
Да, вы должны сначала plot получить результат рукоположения (как plot(bees.nmds)), а затем добавить эллипсы с помощью ordiellipse(). Если вы не нанесли на график результат рукоположения, вы получите сообщение об ошибке, что вы должны сначала начертить его, и в этом сообщении вас попросят вызвать plot.new (т.е., чтобы использовать plot(bees.nmds)). - person Jari Oksanen; 18.06.2018