Проблемы при установке rgeos и rgdal в Mac OS X High Sierra

Я просмотрел несколько источников, чтобы понять, как установить rgeos и rgdal в Mac OS X High Sierra таким образом, чтобы это работало с Anaconda Navigator. Я упоминаю Anaconda, потому что хочу иметь возможность создавать статические среды пакетов для конкретных проектов, чтобы гарантировать, что мои проекты будут работать через 6 месяцев после изменения зависимых пакетов. Я успешно установил и использовал как rgeos, так и rgdal на нескольких других компьютерах, но, похоже, у меня возникли проблемы на новом компьютере. Я хочу запускать приложения Shiny из RStudio Anaconda Navigator. Ни одно из решений, которые я нашел, перечисленных ниже, не сработало:

Основываясь на приведенных выше источниках и моем медленном прогрессе в серии сообщений об ошибках, я попробовал следующее:

  1. Установите GDAL 2.2 Complete [30.0 MiB] 2018-3-10 с http://www.kyngchaos.com/software/frameworks. Это устанавливает фреймворки GDAL, GEOS, PROJ, SQLite и UnixImageIO.

Вышеуказанное установлено без сообщения об ошибке. Но при попытке установить rgeos появилось сообщение об ошибке:

configure: error: geos-config not found or not executable.

Следовательно, либо установка не удалась и меня не уведомили, либо возникла какая-то $PATH проблема (?). В блоге кто-то предложил сделать следующее в ответ на вышеупомянутую проблему:

  1. brew install geos

Вышеупомянутое выполнено успешно. Итак, я вошел в RStudio и попробовал следующее, которое устранило прежнюю ошибку, но произвело новую:

  1. # P6 #
    # P7 #

Есть идеи, что попробовать дальше?

Естественно, я уже пробовал в приложении RStudio, запущенном из Anaconda Navigator:

install.packages("rgeos") install.packages("rgdal")

как из CRAN, так и из tar.gz. Но похоже, что он не может найти файл с именем geos_c.h, который действительно существует на моем компьютере по адресу:

/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3B/Headers/geos_c.h

Есть ли способ заставить RStudio искать в каталоге, содержащем этот файл, чтобы мои установки rgeos и rgdal работали? Есть ли другие ошибки, с которыми я должен столкнуться, и если да, то как их избежать / исправить?

Я также пробовал в окне терминала:

conda install -c conda-forge r-rgdal

но это не удается после долгих попыток "решить среду":

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda install -c conda-forge r-rgdal 
Solving environment: failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - r-rgdal
  - rstudio==1.1.423
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

Поэтому я стараюсь:

conda r-rgdal

Но выхода нет:

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda info r-rgdal
Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$

r anaconda rgdal
person user2205916    schedule 23.06.2018    source источник
comment
Мне никогда не удавалось заставить rgeos или rgdal работать с conda. Я думаю, что они не уважают переопределение Anaconda $PATH.   -  person jsta    schedule 23.06.2018
comment
Я понимаю. Есть идеи, что делать? Как вы думаете, решение могло бы включать изменение файла .Renviron? Ссылка: csgillespie.github.io/efficientR/r-startup.html#renviron < / а>   -  person user2205916    schedule 23.06.2018
comment
После установки GDAL и GES и остальной части этого пакета Complete 2.2 с kyngchaos.com/software/frameworks и ничего другого не делаю, я без проблем устанавливаю и загружаю rgdal и rgeos из графического интерфейса R.app. Мне интересно, установил ли homebrew geos прикрученный ПУТЬ для вашей IDE?   -  person IRTFM    schedule 23.06.2018
comment
@ 42- Означает ли это, что после установки GDAL и GES и остальной части этого пакета Complete 2.2 вы сделали больше, чем просто установили GDAL 2.2 Complete [30.0 MiB] 2018-3-10? Я установил только этот единственный пакет. Но это полезная информация. Может быть, это еще и потому, что я запускаю RStudio из Anaconda?   -  person user2205916    schedule 23.06.2018
comment
Это все, что я установил, но я имел в виду, что также были установлены PROJ4.1 и по крайней мере еще один. Я не уверен, что значит сказать, что Rstudio запускается из Anaconda. У вас должна быть возможность извлечь настройки системной среды из Rstudio. Запустите: Sys.getenv() и запустите ?Starup (в R), чтобы получить имя файлов и последовательность загрузки. Я думаю, что RStudio зависит от содержимого Renviron.site или Renviron   -  person IRTFM    schedule 23.06.2018

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

У меня была аналогичная проблема. Сначала я решил это, установив все с помощью conda, используя следующую environment.yml конфигурацию

name: london-crime-r
channels:
   - conda-forge
   - conda
dependencies:
   - gdal
   - geos
   - r-base
   - r-rcpp
   - r-irkernel
   - r-mass
   - r-dplyr
   - r-rgdal
   - r-rgeos
   - r-raster
   - rstudio

Однако после обновления conda разрешение зависимостей не завершилось в течение 10 часов, поэтому я пошел традиционным путем:

Используйте brew для установки geos и gdal. На сборку моей машины уходит 40 минут.

brew install geos gdal

Как только это будет достигнуто, установите R пакетов в этой последовательности.

install.packages('sp', type='source')

install.packages("rgeos", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgeos)

install.packages("rgdal", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgdal)

Впоследствии пакеты ниже подходят для простого install.

libraries <- c("rgdal",
               "rgeos",
               "raster",
               "spdep",
               "spatstat")
install.packages(libraries)
person jp2011    schedule 19.01.2019