R добавляет дополнительные числа при чтении файла

Как отмечено в комментариях к OP и другому ответу, эта проблема связана с тем, как математика с плавающей запятой обрабатывается на процессоре, используемом для запуска R, и его взаимодействием с параметром digits.

Для иллюстрации мы создадим электронную таблицу Excel с данными из OP и продемонстрируем, что происходит, когда мы настраиваем параметр options(digits=).

Далее мы напишем короткий R-скрипт, чтобы проиллюстрировать, что происходит, когда мы настраиваем параметр digits.

> # first, display the number of significant digits set in R
> getOption("digits")
[1] 7
> 
> # Next, read data file from Excel
> library(xlsx)
> 
> theData <- read.xlsx("./data/smallNumbers.xlsx",1,header=TRUE)
> 
> head(theData)
        Date         X
1 2008-01-25 0.0023456
2 2008-12-23 0.0019870
> 
> # change digits to larger number to replicate SO question
> options(digits=17)
> getOption("digits")
[1] 17
> head(theData)
        Date                     X
1 2008-01-25 0.0023456000000000002
2 2008-12-23 0.0019870000000000001
>

Однако поведение при печати значащих цифр зависит от процессора/операционной системы, так как установка options(digits=16) приводит к следующему на машине с процессором Intel i7-6500U с Microsoft Windows 10:

> # what happens when we set digits = 16?
> options(digits=16)
> getOption("digits")
[1] 16
> head(theData)
        Date         X
1 2008-01-25 0.0023456
2 2008-12-23 0.0019870
> 

library(formattable)

x <- formattable(x, digits = 7, format = "f")

или вы можете добавить это, чтобы получить форматирование по умолчанию от R:

options(defaultPackages = "")

затем перезапустите R.

Возможно, проблема не в вашем исходном файле, поскольку вы говорите, что это происходит и с .csv и .txt.

Попробуйте проверить текущее значение параметра отображения цифр, запустив options()$digits

Если результат, например. 14 скорее всего проблема.

В этом случае попробуйте запустить команду r options(digits=8), которая установит отображаемые цифры = 8 для сеанса.

Затем просто перепечатайте свой фрейм данных, чтобы увидеть, что изменение уже вступило в силу в отношении того, как десятичные знаки отображаются на экране по умолчанию.

Обратитесь к ?options для получения дополнительной информации о настройках отображения цифр и других параметрах сеанса.

Изменить, чтобы улучшить исходный ответ и уточнить для будущих читателей:

1. Изменение options(digits=x) вверх или вниз не меняет значение, которое сохраняется или считывается во внутреннюю память для переменных с плавающей запятой. Параметр сеанса digits просто изменяет способ печати значений с плавающей запятой, т.е. отображения на экране для общих функций печати в соответствии с документацией '?options`:

цифры: управляет количеством значащих цифр для печати при печати числовых значений.

2. То, что ОП показал как проблему, с которой он столкнулся (R отображает больше десятичных знаков после последней цифры в десятичном числе, чем ожидал увидеть ОП), не было вызвано тем, что исходный файл был прочитан из Excel, т.е. учитывая, что у ОП была такая же проблема с CSV и TXT процесс импорта не вызвал проблем.

Если вы видите больше десятичных знаков, чем хотите по умолчанию, в распечатываемом/отображаемом выводе (например, для фреймов данных и числовых переменных), попробуйте проверить options()$digits и понять, что этот параметр просто используется по умолчанию для количества цифр, используемых в обычных методах отображения и печати R. ОДНАКО, это не влияет на хранение данных или переменных с плавающей запятой.

Что касается чисел с плавающей запятой, другой ответ здесь показывает, как установка option(digits=n) выше значения по умолчанию может помочь продемонстрировать некоторые особенности точности/отображения, связанные с точностью с плавающей запятой. Это отдельная проблема по сравнению с тем, что ОП отобразил в его примере, но это стоит понять.

Для гораздо более подробного и конкретного обсуждения точности с плавающей запятой, чем было бы уместно перефразировать здесь, стоит прочитать этот окончательный вопрос + ответ SO: Почему эти числа не равны?
Этот другой вопрос+ответ+обсуждение касается вопросов, касающихся точности с плавающей запятой, и содержит длинный, хорошо представленный список ссылок которые вы найдете полезными, если вам понадобится дополнительная информация по этому вопросу.