Уважаемые участники сообщества:
Я хотел спросить, есть ли способ выбрать, какие узлы отображать на igraph. Я запускаю следующий код:
library(igraph)
g <- graph.adjacency(
as.matrix(as.dist(cor(t(POS_testing), method="pearson"))),
mode="undirected",
weighted=TRUE,
diag=FALSE
)
g <- simplify(g, remove.multiple=TRUE, remove.loops=TRUE)
g <- delete_edges(g, E(g)[which(E(g)$weight<0.9)])
Глядя на мои вершины:
V(g)$comp <- components(g)$membership
V(g)$comp
[1] 1 2 3 4 3 5 6 7 3 8 9 10 11 12 13 14 15 16 3 3 3 17 18 19 20 15 3 21 3
[30] 3 3 3 22 23 3 3 3 3 24 25 3 26 27 28 3 29 3 3 3 30 31 3 3 3 3 3 3 32
[59] 3 33 3 3 34 35 3 3 28 28 36 37 38 3 39 28 3 3 3 3 40 21 21 3 41 3 3 42 3
[88] 3 3 3 3 3 43 44 3 45 3 46 3 47 48 3 3 3 3 3 3 49 3 3 3 3 50 3 3 3
[117] 3 51 3 3 52 53 52 52 54 55 52 3 56 57 58 55 59 3 60 61 3 62 3 63 64 65 66 67 3
[146] 3 3 3 68 3 69 64 70 71 3 72 3 73 74 3 3 75 3 3 3 3 32 76 3 77 3 78 3 3
[175] 79 80 3 81 82 3 3 73 3 3 3 83 84 85 73 3 3 3 3 3 86 32 87
Теперь, запустив эту команду, которую я нашел здесь: Удалить несвязанные короткие пути из графа в igraph я могу получить вершины, которым присвоен номер «3».
g <- induced_subgraph(g, V(g)$comp == 3)
V(g)$comp
[1] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[45] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[89] 3 3 3 3 3 3 3 3
Однако я хотел бы выбрать больше, чем просто вершины, назначенные 3. Я хотел бы выбрать отображение 3, 21, 28, 32, 52 и 73.
Я наткнулся на этот сайт: http://igraph.org/r/doc/delete_vertices.html Итак, я запустил код:
t <- delete_vertices(g, comps$Var1)
Где comps$Var1 — числовой вектор всех чисел (отображаемых выше), которые я хочу удалить (т. е. 1, 2, 4, 5 и т. д.). Это не работает. У меня все еще появляются все 197 номеров, когда я запускаю V(t)$comp
.
Затем я попытался заполнить его вручную и запустил следующий код (3 встречается 96 раз, 21 встречается 3 раза и т. д.):
V(g)$comp <- c(rep(3, 96), rep(21, 3), rep(28, 4), rep(32, 3), rep(52, 4), rep(73, 3)).
Это тоже не сработало.
Затем я попытался вместо этого добавить add_edges (только эти, чтобы посмотреть, будет ли это работать):
t <- add_edges(g, c(which(V(g)$comp == 3), which(V(g)$comp == 21), which(V(g)$comp == 28)))
Это по-прежнему давало все числа выше и не выбирало эти числа выборочно для меня для построения графика.
Я также пробовал использовать оператор & следующим образом:
g <- induced_subgraph(g, c(V(g)$comp == 3 & V(g)$comp == 21 & V(g)$comp ==29))
Это также сохранило все мои вершины.
У меня нет идей, и я спрашиваю это сообщество, возможно ли это вообще. Большое спасибо за Вашу помощь.