Ошибка libxml-2.0 не найдена при установке ggiraph

При попытке установить пакет R ggiraph на моем Mac OS X я столкнулся с проблемой зависимости xml2 .

Кажется, это довольно распространенная проблема для пользователей этого и других пакетов, поэтому, прочитав темы здесь и в других местах, я подтвердил следующее:

  • RStudio, R и все его пакеты обновлены
  • libxml2 устанавливается в версии для разработчиков, используя доморощенный
  • Я скопировал libxml-2.0.pc из папки homebrew в /usr/local/lib/pkgconfig/
  • Я добавил /usr/local/lib/pkgconfig/ в PATH и PKG_CONFIG_PATH

Я все еще получаю следующее сообщение об ошибке во время установки. Благодарен за помощь!

> install.packages("ggiraph")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xml2’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/xml2_1.2.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 251614 bytes (245 KB)
==================================================
downloaded 245 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/ggiraph_0.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 208710 bytes (203 KB)
==================================================
downloaded 203 KB

* installing *source* package ‘xml2’ ...
** package ‘xml2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/libxml2
Using PKG_LIBS=-L/usr/lib -lxml2 -lz -lpthread -licucore -lm
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
 * deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘xml2’ is not available for package ‘ggiraph’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.5/site-library/ggiraph’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ggiraph’ had non-zero exit status

r xml2 libxml2 ggiraph
person pengzell    schedule 17.12.2018    source источник
comment
Вы когда-нибудь решали это?   -  person Sander W. van der Laan    schedule 13.03.2019
comment
к сожалению нет   -  person pengzell    schedule 28.05.2019

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Это повторяющаяся проблема, с которой я сталкиваюсь в macOS с Homebrew и libxml2. includes библиотеки libxml2 расположены в подкаталоге /path/to/includes/libxml2/libxml/, который не может быть найден компиляторами.

Я успешно установил xml2 в R, сделав две вещи:

  1. Создать символическую ссылку [...]/include/libxml, указывающую на [...]/include/libxml2/libxml
  2. Добавьте путь к папке include в INCLUDE_DIR

Выполните пункт 1 в терминале. Хотя путь к файлу может быть другим в вашей установке, команда оболочки на моем Mac была:

Bash > ln -s /usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include/libxml2/libxml /usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include/libxml`

Выполните пункт 2 в R-терминале RStudio. Команда на моем Mac была:

R > Sys.setenv(INCLUDE_DIR = paste("/usr/local/Cellar/libxml2/2.9.9_2/include", Sys.getenv("INCLUDE_DIR"), sep = ":"))`

Затем установите xml2 и, наконец, ggiraph:

R > install.packages(c("xml2", "ggiraph"))
person Slagt    schedule 31.05.2019