График ординации NMDS

У меня есть данные о скоплениях гнездящихся птиц из карьеров и известняковых пастбищ, и я хочу отобразить их на диаграмме распределения НМДС вместе с параметрами окружающей среды в качестве векторов. Как мне убрать теги видов? Я использую веганский пакет для посвящения.

Я уже уменьшил количество отображаемых видов с помощью функции ordiselect из пакета goeveg. Теги все еще перекрываются, но я не хочу еще больше сокращать виды.

С функцией orditkplot я не могу получить результат, который выглядел бы так хорошо, как я хотел бы с точки зрения эстетики. Мне также не удалось отобразить только подмножество видов при использовании этой функции.

ord.nmds <- metaMDS(species, trace=FALSE)
sel <- ordiselect(species, ord.nmds, ablim = 0.5, method = "axes", freq = TRUE)

ef <- envfit(ord.nmds ~ cgr + L_wdl + str + Hab_Div, env_var, permu=999)

grp <- factor(rep(c("GRASS", "QUARRY"), each = 14))
cols <- c("gray70","gray30")

plot(ord.nmds, type="n", xlim = c(-1.1, 1.1), ylim = c(-0.9,0.9))
points(ord.nmds, display = "sites", pch = 15, col = rep(cols, each = 14), cex=1)
text(ord.nmds, display = "species", col="black", cex=0.55, select = sel)
plot(ef, p.max = 0.05, col ="black", cex = 0.8)
legend(x = 0.6, y = 1.05, legend = tools::toTitleCase(levels(grp)), fill = cols, bty = "n", cex = 0.8)

Пока что мой график выглядит так: График ординации


r plot vegan
person Bennet    schedule 17.02.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы пробовали использовать ordipointlabel() от вегана? Обычно я получаю от этого неплохие результаты. Для этого типа графиков также очень полезно и рекомендуется заранее определить окончательный размер графика графика, напрямую экспортируя его (например, с помощью функции png() или svg()). Просто поместите функции построения графиков в такой код и запустите весь блок:

svg("ordinationdiagram.svg", width = 8, height = 6)

plot(ord.nmds, type = "n", ...)
points(ord.nmds, ...)
ordipointlabel(ord.nmds, add = T, ...)
legend(...)

dev.off()

Пока вы не запустите dev.off(), все графические операции будут помещены в svg-graphic.

Если вы экспортируете в векторном формате (например, svg), вы можете впоследствии загрузить графику в любой редактор векторной графики (например, Inkscape) для ручной перестановки перекрывающихся имен (если это все еще происходит).

person Friede    schedule 18.02.2019
comment
Спасибо за подсказку svg / Inkscape, это решило все мои проблемы! - person Bennet; 25.02.2019