Я использую Mac OS 10.13.6 и использую RStudio 1.1.8, R 3.5.3, Java 11. Если аппаратное обеспечение может иметь значение, я использую MacBook Air 2013 года.
Я пытаюсь запустить функцию extract_table из пакета r tabulizer в книге кодов мировых религий Correlates of War, доступной здесь. Кажется, я застрял из-за ошибки с rJava. Библиотека rJava загружается в RStudio нормально, но когда я запускаю следующую строку:
lst <- tabulizer::extract_tables("/Users/[me]/Downloads/wrp-codebook-bibliography.pdf", encoding="UTF-8")
или попробуйте загрузить библиотеку табулайзера, я получаю следующую ошибку:
WARNING: Initial Java 12 release has broken JNI support and does NOT work. Use stable Java 11 (or watch for 12u if avaiable).
ERROR: Java exception occurred during rJava bootstrap - see stderr for Java stack trace.
Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
at java.base/jdk.internal.reflect.Reflection.verifyMemberAccess(Reflection.java:130)
at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.slowVerifyAccess(AccessibleObject.java:673)
at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.verifyAccess(AccessibleObject.java:666)
at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.checkAccess(AccessibleObject.java:638)
at java.base/java.lang.reflect.Field.checkAccess(Field.java:1075)
at java.base/java.lang.reflect.Field.get(Field.java:416)
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tabulizerjars', details:
call: .jcheck(silent = FALSE)
error: java.lang.NullPointerException.jcall(f, "Ljava/lang/Object;", "get", .jcast(ic, "java/lang/Object"))new("jobjRef", jobj = <pointer: 0x10caa0870>, jclass = "java/lang/NullPointerException")
РЕДАКТИРОВАТЬ: приведенный ниже раздел был обновлен для ясности на основе полученного комментария.
Сначала я подумал, что мне нужно переключиться с Java 12 на Java 11, поэтому я нашел полезный пост на SO и использовал следующие команды для этого переключения без запущенных экземпляров RStudio или R, пока я это делал:
MacBook-Air:~ $ /usr/libexec/java_home -V
Matching Java Virtual Machines (2):
12, x86_64: "Java SE 12" /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
11.0.2, x86_64: "Java SE 11.0.2" /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.2.jdk/Contents/Home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
MacBook-Air:~ $ export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 1.6.0_65-b14-462`
С тех пор проблема не устранена, и когда я дважды проверяю свою версию Java в терминале, я получаю следующее:
MacBook-Air:~ $ java -version
java version "11.0.2" 2019-01-15 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.2+9-LTS)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.9 (build 11.0.2+9-LTS, mixed mode)
Так что мне кажется, что я бегу 11.
Однако у меня также все еще установлено 12:
MacBook-Air:~ $ /usr/libexec/java_home -V
Matching Java Virtual Machines (2):
12, x86_64: "Java SE 12" /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
11.0.2, x86_64: "Java SE 11.0.2" /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.2.jdk/Contents/Home
Я не уверен, что R вместо этого смотрит на версию 12, или как ее перенаправить, или есть ли здесь еще одна проблема. К сожалению, мне не удалось найти ничего в Google или SO об этой ошибке, особенно в контексте R и rJava.
Пожалуйста, дайте мне знать, если я могу предоставить любую дополнительную информацию.
Спасибо!
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
. Что на самом деле примечательно, так это то, что обычно вы устанавливаете JAVA_HOME в/usr/lib/jvm/java-8-oracle
, но rJava работает только тогда, когда он указывает на каталог jre внутри. Я не могу сказать, насколько это уместно для Mac, но я думаю, что установка некоторой переменной среды должна быть ключом к решению этой проблемы. - person R.S.   schedule 10.04.2019