Подпапки сайтов-пакетов Anaconda/Python с тильдой в имени — что это такое?

Возможно ли, что вы установили эти конкретные пакеты с помощью pip? Если это так, то искаженные каталоги, вероятно, являются временными каталогами, которые pip создает при удалении пакета (или при удалении пакета при подготовке к обновлению пакета).

Я просмотрел исходный код pip и нашел этот фрагмент, который явно используется только для удаления пакетов:

class AdjacentTempDirectory(TempDirectory):
    """Helper class that creates a temporary directory adjacent to a real one.
    Attributes:
        original
            The original directory to create a temp directory for.
        path
            After calling create() or entering, contains the full
            path to the temporary directory.
        delete
            Whether the directory should be deleted when exiting
            (when used as a contextmanager)
    """
    # The characters that may be used to name the temp directory
    # We always prepend a ~ and then rotate through these until
    # a usable name is found.
    # pkg_resources raises a different error for .dist-info folder
    # with leading '-' and invalid metadata
    LEADING_CHARS = "-~.=%0123456789"

    ...

Если это и есть эти файлы, то можете смело их удалять.