r- Как использовать итерацию для пользовательской функции, которая использует dplyr

Я хочу создать настраиваемую функцию для вычисления сгруппированных процентов в большом наборе данных с более чем 100 столбцами. Поскольку у меня так много столбцов, я хочу сделать цикл или lapply или что-то еще, чтобы не вводить функцию более 100 раз. Написанная мною функция отлично работает, когда я набираю ее индивидуально для каждого столбца, но я не могу понять, как делать это повторно.

Вот упрощенный фреймворк и функция:

# load required libraries:
library(tidyverse)

df<-data.frame(sex=c('M','M','M','F','M','F','M',NA),
              school=c('A','A','A','A','B','B','B',NA),
              question1=c(NA,1,1,2,2,3,3,3),
              question2=c(2,NA,2,4,5,1,2,3))

 my_function<-function(dataset,question_number){

  question_number_enquo<-enquo(question_number)

  dataset%>%
    filter(!is.na(!!question_number_enquo)&!is.na(sex))%>%
    group_by(school,sex,!!question_number_enquo)%>%
    count(!!question_number_enquo)%>%
    summarise(number=sum(n))%>%
    mutate(percent=number/sum(number)*100)%>%
    ungroup()
}

Моя функция работает, когда я ввожу в нее имя столбца:

my_function(df,question1)

 A tibble: 5 x 5
  school sex   question1 number percent
  <fct>  <fct>     <dbl>  <int>   <dbl>
1 A      F             2      1     100
2 A      M             1      2     100
3 B      F             3      1     100
4 B      M             2      1      50
5 B      M             3      1      50

Вот что я пробовал с точки зрения повторения. Я хочу повторить функцию для каждого столбца (кроме школы и пола, потому что это мои группы).

question_col_names<-(df%>%select(-sex,-school)%>%colnames())

Использование lapply с именами столбцов в качестве запроса:

question_col_names_enquo<-enquo(question_col_names)
lapply(df,my_function(df,!!question_col_names_enquo))


 Error: Column `<chr>` must be length 7 (the number of rows) or one, not 2

Попытка сделать это с именами столбцов без кавычек:

lapply(df,my_function(df,question_col_names))

Error: Column `question_col_names` is unknown

Попытка использовать имена столбцов в кавычках:

lapply(df,my_function(df,'question_col_names'))

Error: Column `"question_col_names"` can't be modified because it's a grouping variable

Я также попробовал подать заявку и получил такие же сообщения об ошибках:

apply(df,1,my_function(df,!!question_col_names_enquo))
Error: Column `<chr>` must be length 7 (the number of rows) or one, not 2

apply(df,1,my_function(df,question_col_names))
Error: Column `question_col_names` is unknown

apply(df,1,my_function(df,'question_col_names'))
Error: Column `"question_col_names"` can't be modified because it's a grouping variable

Я также пробовал разные варианты цикла for:

for (i in question_col_names){
  my_function(df,i)
}

Error: Column `i` is unknown


for (i in question_col_names){
   my_function(df,'i')
 }
Error: Column `"i"` can't be modified because it's a grouping variable

Как я могу использовать итерацию, чтобы моя функция повторялась во всех моих столбцах?

Я подозреваю, что это связано с dplyr; Я знаю, что он действует забавно в пользовательских функциях, но я могу заставить его работать в моей функции, но не в итерации. Я глубоко погрузился в Google и Stack Overflow, но не нашел ничего, что могло бы ответить на этот вопрос.

Заранее спасибо!


person kellyd    schedule 25.11.2019    source источник


Ответы (2)


Ваши question_col_names - это струны. Вместо этого вам нужно sym для преобразования строки в переменную внутри вашей функции

library(tidyverse)

df <- data.frame(
  sex = c("M", "M", "M", "F", "M", "F", "M", NA),
  school = c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", NA),
  question1 = c(NA, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3),
  question2 = c(2, NA, 2, 4, 5, 1, 2, 3)
)

my_function <- function(dataset, question_number) {
  question_number_enquo <- sym(question_number)

  dataset %>%
    filter(!is.na(!!question_number_enquo) & !is.na(sex)) %>%
    group_by(school, sex, !!question_number_enquo) %>%
    count(!!question_number_enquo) %>%
    summarise(number = sum(n)) %>%
    mutate(percent = number / sum(number) * 100) %>%
    ungroup()
}

my_function(df, "question1")
#> # A tibble: 5 x 5
#>   school sex   question1 number percent
#>   <fct>  <fct>     <dbl>  <int>   <dbl>
#> 1 A      F             2      1     100
#> 2 A      M             1      2     100
#> 3 B      F             3      1     100
#> 4 B      M             2      1      50
#> 5 B      M             3      1      50

question_col_names <- (df %>% select(-sex, -school) %>% colnames())

result <- map_df(question_col_names, ~ my_function(df, .x))
result
#> # A tibble: 10 x 6
#>    school sex   question1 number percent question2
#>    <fct>  <fct>     <dbl>  <int>   <dbl>     <dbl>
#>  1 A      F             2      1     100        NA
#>  2 A      M             1      2     100        NA
#>  3 B      F             3      1     100        NA
#>  4 B      M             2      1      50        NA
#>  5 B      M             3      1      50        NA
#>  6 A      F            NA      1     100         4
#>  7 A      M            NA      2     100         2
#>  8 B      F            NA      1     100         1
#>  9 B      M            NA      1      50         2
#> 10 B      M            NA      1      50         5

Вероятно, лучше, если вы конвертируете результат своей функции в длинный формат

my_function2 <- function(dataset, question_number) {
  question_number_enquo <- sym(question_number)

  res <- dataset %>%
    filter(!is.na(!!question_number_enquo) & !is.na(sex)) %>%
    group_by(school, sex, !!question_number_enquo) %>%
    count(!!question_number_enquo) %>%
    summarise(number = sum(n)) %>%
    mutate(percent = number / sum(number) * 100) %>%
    ungroup() %>% 
    gather(key = 'question', value, -school, -sex, -number, -percent)
  return(res)

}

result2 <- map_df(question_col_names, ~ my_function2(df, .x))
result2
#> # A tibble: 10 x 6
#>    school sex   number percent question  value
#>    <fct>  <fct>  <int>   <dbl> <chr>     <dbl>
#>  1 A      F          1     100 question1     2
#>  2 A      M          2     100 question1     1
#>  3 B      F          1     100 question1     3
#>  4 B      M          1      50 question1     2
#>  5 B      M          1      50 question1     3
#>  6 A      F          1     100 question2     4
#>  7 A      M          2     100 question2     2
#>  8 B      F          1     100 question2     1
#>  9 B      M          1      50 question2     2
#> 10 B      M          1      50 question2     5

Создано 25 ноября 2019 г. пакетом REPEX (v0.3.0)

person Tung    schedule 25.11.2019

Если я правильно понял, для этого можно использовать gather, nest и map:

library(tidyverse)

df %>% 
  rownames_to_column("ID") %>% 
  gather(question, value, -ID, -sex, -school) %>% 
  nest(-sex, -school) %>% 
  mutate(results = purrr::map(data, function(x) { 
    x %>% 
      group_by(question)%>%
      summarise(number=sum(!is.na(value))) %>%
      mutate(percent=number/sum(number)*100)%>%
      ungroup()})) %>% 
  select(sex, school, results) %>%
  unnest(results) 

Полученные результаты:

   sex   school question  number percent
   <fct> <fct>  <chr>      <int>   <dbl>
 1 M     A      question1      3      50
 2 M     A      question2      3      50
 3 F     A      question1      1      50
 4 F     A      question2      1      50
 5 M     B      question1      2      50
 6 M     B      question2      2      50
 7 F     B      question1      1      50
 8 F     B      question2      1      50
 9 NA    NA     question1      1      50
10 NA    NA     question2      1      50
person DJV    schedule 25.11.2019
comment
Я хочу увидеть процент людей в каждой группе пола / школы, у которых был каждый ответ. Я изменил ваш код так, чтобы в столбце «процент» указывался процент каждого ответа в этой группе: df% ›% gather (вопрос , значение, -sex, -school)% ›% group_by (вопрос, пол, школа)%›% nest ()% ›% mutate (results = map (data, function (x) {x%›% filter (! is .na (значение))% ›% count (значение)%›% mutate (percent = n / sum (n) * 100)% ›% ungroup ()}))%›% unnest (результаты) Спасибо! Я не особо много работал с вложением, так что это было полезно. - person kellyd; 25.11.2019
comment
В чем важность добавления rownames_to_column? В любом случае я получаю те же результаты. - person kellyd; 25.11.2019
comment
Пожалуйста, и рад, что я смог помочь. Обратите внимание, что вам не нужно group_by(), а затем nest(), вы должны nest() you suppose to nest` свои group_by vars. Я использовал rownames_to_column для создания ключа / идентификатора для каждой строки. Когда вы gather() или spread, вам нужен ключ, чтобы R знал, какая строка принадлежит какому участнику. Попробуйте найти здесь дополнительную информацию об tidyverse удивительном мире :) - tidyverse.org - person DJV; 26.11.2019