Не удается установить Stringi для R (R-studio 1.1.456, OS X 10.15.2 Catalina)

Я получаю следующую ошибку при попытке установить stringi:

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/stringi_1.4.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 7284255 bytes (6.9 MB)
==================================================
downloaded 6.9 MB

* installing *source* package ‘stringi’ ...
** package ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for R_HOME... /Users/USER/Anaconda3/anaconda3/lib/R
checking for R... /Users/USER/Anaconda3/anaconda3/lib/R/bin/R
checking for endianness... little
checking for R >= 3.1.0 for C++11 use... yes
checking for R < 3.4.0 for CXX1X flag use... no
checking for cat... /bin/cat
checking for local ICUDT_DIR... icu61/data
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/private/var/folders/fy/d14lc6rd5nq827m06zkkb1_h0000gn/T/RtmpWRiuI3/R.INSTALL116de6e601bb4/stringi':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/Users/USER/Anaconda3/anaconda3/lib/R/library/stringi’
* restoring previous ‘/Users/USER/Anaconda3/anaconda3/lib/R/library/stringi’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status

Я видел, что это было проблемой в прошлом, например. здесь, где есть конфликт с Makevars, но У меня не установлены Makevars, так что это не может быть. (Я пытался установить пакет как бинарный, но получил: «Пакет ‘stringi’ доступен как исходный пакет, но не как бинарный»).

Спасибо!

Изменить: я изменил заголовок, чтобы установить из обновления. Пакет был каким-то образом удален, и теперь я не могу его ни установить, ни запустить rmarkdown...


person klarinosaurus    schedule 13.01.2020    source источник
comment
Спасибо за ответ Морган! Обновление пакета из Rstudio дает то же сообщение об ошибке. Я пытался установить его с помощью conda install stringi, но он (конечно) не работает, поскольку он уже установлен. Я хочу обновить stringi, потому что я думаю/надеюсь, что это вызовет проблемы с kableExtra (kableExtra не создает желаемый вывод html при использовании rmarkdown - таблица не отформатирована на странице html (но отформатирована в средстве просмотра).   -  person klarinosaurus    schedule 14.01.2020
comment
@MartinMorgan Я не понимаю, что ты имеешь в виду. Таким образом я могу обновить другие пакеты (из RStudio).   -  person klarinosaurus    schedule 14.01.2020
comment
Вероятно, другие обновленные вами пакеты не должны компилировать код. Даже если они это сделают, они могут использовать компилятор иначе, чем stringi должен использовать компилятор. Я не пользователь conda, поэтому не могу предоставить подробности, но, вероятно, проблема в этом. Инструкции в этом комментарии github.com/conda/conda/issues/4355#issuecomment -353314027 может иметь значение   -  person Martin Morgan    schedule 14.01.2020
comment
Боюсь, инструкции в комментарии не помогли. Я получаю такое же неинформативное сообщение об ошибке: настроить: ошибка: компилятор C не может создавать исполняемые файлы. :(   -  person klarinosaurus    schedule 14.01.2020