Я пытаюсь проанализировать повторяющийся набор данных событий и изо всех сил пытаюсь соответствовать модели.
Подмножество моих данных:
outdat <- structure(list(yr = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3), jday = c(141, 151, 156, 157, 157, 158, 164, 168, 168, 168, 168, 168, 168, 170, 171, 171, 177, 177, 177, 178, 179, 181, 182, 182, 182, 182, 182, 184, 186, 188, 188, 188, 189, 191, 197, 197, 197, 198, 198, 199, 209, 211, 217, 223, 230, 161, 187, 196, 196, 196, 197, 197, 201, 204, 204, 204, 208, 209, 211, 212, 215, 215, 219, 221, 222, 225, 229, 229, 245, 252, 256, 159, 160, 166, 172, 174, 174, 178, 178, 178, 178, 178, 179, 182, 185, 185, 186, 186, 187, 187, 187, 187, 187, 187, 188, 188, 192, 195, 195, 195, 195, 195, 196, 196, 196, 200, 200, 200, 200, 202, 203, 204, 207, 207, 207, 207, 207, 207, 207, 208, 212, 212, 226), out = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1)), row.names = c(NA, -123L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
Данные показывают наличие болезней сельскохозяйственных культур в стране, и я сначала пытаюсь использовать модель Кокса PH. Руководство пакета survival
рекомендует определять термин cluster()
в формуле.
cm <- coxph(Surv(time =jday, event = out ) ~ cluster(yr), data = outdat)
Error in reformulate(temp[1 - tcl]) :
'termlabels' must be a character vector of length at least one
Если я не определяю ковариату как группирующую переменную, модель подходит.
cm <- coxph(Surv(time =jday, event = out ) ~ yr, data = outdat)
Обратите внимание, что я попытался изменить класс outdat$yr
на символ / фактор.
cluster
, если бы вы не беспокоились, чтоyr
не является пропорциональным риском. Пакетsurvival
, конечно, не рекомендует добавлятьcluster()
в каждую модель. - person pgcudahy   schedule 18.07.2020