Я написал эту модель, но rjags дает ошибку несоответствия размеров; Что происходит?
Ошибка в jags.model (textConnection (model1), data = jags_data, n.chains = n_chains,: RUNTIME ERROR: Ошибка компиляции в строке 8. Несоответствие размеров принимает подмножество y
library(rjags)
model1 <- "model {
C <- 10000
for (j in 1:nobs){
zeros[j] ~ dpois(phi[j])
phi[j] <- -log(L[j]) + C
L[j] <- add[j]*(lambda[j]^y[j])*(1-lambda[j])^(1-y[j])
add[j] = ifelse(lambda[j] == 0.5, 2, aux[j])
aux[j] = 2*arctanh(1 - 2*lambda[j] + 10^(-323))/(1 - 2*lambda[j] + 10^(-323))
logit(lambda[j]) <- inprod(X[j, ], beta)
}
beta[1] ~ dnorm(0,1)
beta[2] ~ dgamma(1,1)
}"
n_chains = 1
n_adapt = 5000
n_iter = 10000
n_thin = 1
n_burnin = 5000
# generate data
n = 100
Ffun = plogis
design_mat = cbind(1, matrix(seq(0,1,by = 0.2), ncol=1))
gen_data = function(n, beta) {
X = design_mat[sample(nrow(design_mat), size = n, replace = T), ]
lambda = Ffun(X %*% beta)
y = rcbern(n,lambda)
idx = is.nan(y)
y[idx] = runif(length(idx))
list(X = X, y = y)
}
rcbern = function(n,lam){
x = runif(n)
y = log((x*(2*lam-1) - (lam-1))/(1-lam))/log(lam/(1-lam))
return(y)
}
beta = as.matrix(c(-3, 5))
jags_data = gen_data(n, beta)
jags_data$nobs = n
jg_model <- jags.model(textConnection(model1),
data = jags_data,
n.chains = n_chains,
n.adapt = n_adapt)
update(jg_model, n.iter = n_burnin)
result <- coda.samples(jg_model,
variable.names = c("beta"),
n.iter = n_iter,
thin = n_thin,
n.chains = n_chains)
beta_est = list(apply(result[[1]],2,median))
y
- это матрица, поэтому, возможно, попробуйте использовать индексy[j,]
или оставить его как есть и преобразоватьy
в вектор в соответствующей строкеlist(X = X, y = as.vector(y))
(непроверено) - person user20650   schedule 14.09.2020