От перекрестной корреляции к формату столбца в R

У меня есть следующая матрица взаимной корреляции:

df =

   A B C
A  1 7 1
B  7 1 9
C  1 9 1

и я хотел бы сделать это в следующем формате:

A B 7
A C 1
B C 9

любой простой код R, который может сделать такое?


r cross-correlation
person Economist_Ayahuasca    schedule 15.02.2021    source источник
comment
Получите пакет SOfun и выполните library(SOfun); dist2df(as.dist(mat)). Или, возможно, сделать as.data.frame(as.table(mat))[lower.tri(mat), ].   -  person A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1    schedule 16.02.2021

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Не простой способ, а вариант в базе R:

mat[upper.tri(mat, diag = TRUE)] <- NA
tmp <- which(!is.na(mat), arr.ind = TRUE)
data.frame(col = colnames(mat)[tmp[, 2]], row = rownames(tmp), val = mat[tmp])

#  col row val
#1   A   B   7
#2   A   C   1
#3   B   C   9

данные

mat <- structure(c(1L, 7L, 1L, 7L, 1L, 9L, 1L, 9L, 1L), .Dim = c(3L, 
3L), .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C")))
person Ronak Shah    schedule 15.02.2021

arrow_upward
1
arrow_downward

Еще один базовый вариант R

inds <- which(col(mat) < row(mat), arr.ind = TRUE)
data.frame(
  col = colnames(mat)[inds[, "col"]],
  row = rownames(mat)[inds[, "row"]],
  val = mat[inds]
)

дает

  col row val
1   A   B   7
2   A   C   1
3   B   C   9
person ThomasIsCoding    schedule 15.02.2021