У меня есть некоторые данные, которые выглядят следующим образом:
data <- structure(list(Gene1 = c(8.030835566, 7.523710852, 8.132012083,
6.351834008, 6.325281674, 6.810264692), Gene2 = c(8.755819384,
8.101372382, 8.691221404, 7.963358311, 7.003639076, 8.860927111
), Gene3 = c(6.504333248, 8.832470479, 10.7661583, 12.48262164,
6.003163216, 6.810264692), Gene4 = c(7.773754938, 6.545394663,
7.499168201, 5.587808389, 5.587808389, 5.587808389), Gene5 = c(9.782169709,
9.208945473, 10.07340718, 8.452540072, 6.810926028, 8.757832761
), Gene6 = c(6.808970669, 6.545394663, 7.206623134, 6.848704398,
5.587808389, 8.090400794), Gene7 = c(10.32869976, 10.09035118,
9.541872802, 10.57521096, 7.910751686, 10.02532033), Gene8 = c(7.274379599,
6.545394663, 7.499168201, 7.963358311, 6.003163216, 7.909825918
), Gene9 = c(8.605820177, 8.101372382, 8.293403668, 10.21655691,
6.003163216, 6.324818701), Gene10 = c(12.30601467, 12.27069432,
12.47496174, 12.23379266, 10.04845125, 12.4664811), X.1 = c(NA,
NA, NA, NA, NA, NA)), class = "data.frame", row.names = c("S1",
"S2", "S3", "S4", "S5", "S6"))
Приведенные выше данные являются лишь примером. Исходные данные содержат более 1000 строк. На самом деле я хочу делать корреляцию только с определенными переменными, как показано ниже.
Gene1 * Gene7
Gene2 * Gene8
Gene3 * Gene10
Gene5 * Gene6
Gene4 * Gene9
Меня интересуют только приведенные выше корреляции. Я не хочу корреляции между Gene1 и всеми остальными генами. Я могу провести корреляцию по всем переменным и отфильтровать интересующие, но у меня их больше 1000, поэтому фильтровать мне сложно.
Итак, есть ли способ взять только конкретные заинтересованные GeneX * GeneY
и провести корреляцию?
Я использую библиотеку Hmisc
и функцию rcorr
для корреляции.
Любая помощь приветствуется. спасибо