Тест Chi -Square для сгруппированных данных, за исключением определенных групп с пропущенными значениями в r

Попробуйте использовать xtabs:

tbl <- xtabs(n ~ `Fisiopatología más frecuente variante constipación` + `Orientación dicotómica`, df)
tbl
#                                                   Orientación dicotómica
# Fisiopatología más frecuente variante constipación Neurogastro No neurogastro
#                   Más de una variante                       22            108
#                   Obstrucción del tracto de salida           8             12
#                   Tránsito lento / Inercia                  12            101
#                   Transito normal                           11             25
#                   Uso de fármacos                            0              1
chisq.test(tbl)
# 
#   Pearson's Chi-squared test
# 
# data:  tbl
# X-squared = 15.092, df = 4, p-value = 0.004514
# 
# Warning message:
# In chisq.test(tbl) : Chi-squared approximation may be incorrect
chisq.test(tbl)$p.value
# [1] 0.00451449
# Warning message:
# In chisq.test(tbl) : Chi-squared approximation may be incorrect

Предупреждение появляется из-за того, что в последней строке таблицы очень мало наблюдений / ожидаемых значений. Возможно, было бы лучше смоделировать p-значение, хотя в этом случае, похоже, это не повлияет на p-значение:

chisq.test(tbl, simulate.p.value=TRUE)
# 
#   Pearson's Chi-squared test with simulated p-value (based on 2000 replicates)
# 
# data:  tbl
# X-squared = 15.092, df = NA, p-value = 0.004498

Чтобы получить результаты для каждой строки:

results <- apply(tbl, 1, chisq.test)
sapply(results, function(x) x$p.value)
#              Más de una variante Obstrucción del tracto de salida         Tránsito lento / Inercia                  Transito normal 
#                     4.603430e-14                     3.710934e-01                     5.644889e-17                     1.963066e-02 
#                  Uso de fármacos 
#                     3.173105e-01 

or

sapply(results, "[", "p.value")
# $`Más de una variante.p.value`
# [1] 4.60343e-14
# 
# $`Obstrucción del tracto de salida.p.value`
# [1] 0.3710934
# 
# $`Tránsito lento / Inercia.p.value`
# [1] 5.644889e-17
# 
# $`Transito normal.p.value`
# [1] 0.01963066
# 
# $`Uso de fármacos.p.value`
# [1] 0.3173105