Отобразить таблицы корреляции как убывающий список

При запуске cor () для временного ряда с большим количеством переменных я возвращаю таблицу, в которой есть строка и столбец для каждой переменной, показывающая корреляцию между ними.

Как я могу просмотреть эту таблицу как список от наиболее коррелированных до наименее коррелированных (исключая все результаты NA и результаты, которые сопоставляются сами с собой (то есть корреляция A с A)). Я также хотел бы считать обратные (отрицательные) результаты как абсолютные значения, но все же показывать их как отрицательные.

Таким образом, желаемый результат будет примерно таким:

A,B,0.98
A,C,0.9
C,R,-0.8
T,Z,0.5

r correlation
person Kyle Brandt    schedule 21.07.2011    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
13
arrow_downward

Вот один из многих способов сделать это. Я использовал пакет reshape, потому что синтаксис melt() мне было легко запомнить, но команду melt() довольно легко выполнить с помощью базовых команд R:

require(reshape)
## set up dummy data
a <- rnorm(100)
b <- a + (rnorm(100, 0, 2))
c <- a + b + (rnorm(100)/10)
df <- data.frame(a, b, c)
c <- cor(df)
## c is the correlations matrix

## keep only the lower triangle by 
## filling upper with NA
c[upper.tri(c, diag=TRUE)] <- NA

m <- melt(c)

## sort by descending absolute correlation
m <- m[order(- abs(m$value)), ]

## omit the NA values
dfOut <- na.omit(m)

## if you really want a list and not a data.frame
listOut <- split(dfOut, 1:nrow(dfOut))
person JD Long    schedule 21.07.2011

arrow_upward
10
arrow_downward

Используя базу R (где cors - корреляционная матрица):

up <- upper.tri(cors)
out <- data.frame(which(up, arr.ind=TRUE), cor=cors[up])
out <- out[!is.na(out$cor),]
out[order(abs(out$cor), decreasing=TRUE),]
person Aaron left Stack Overflow    schedule 21.07.2011

arrow_upward
2
arrow_downward

Замени ... своим корреляционным вызовом.

library(reshape)
x <- subset(melt(cor(...)), value != 1 | value != NA)
x <- x[with(x, order(-abs(x$value))),]

Если у вас много NA в ваших корреляциях, возможно, попробуйте использовать аргумент use="complete.obs" в вашем вызове корреляции.

person Brandon Bertelsen    schedule 21.07.2011