Получение обобщенных средств наименьших квадратов для фиксированных эффектов в nlme или lme4

Средние наименьших квадратов с их стандартными ошибками для объекта aov можно получить с помощью функции model.tables:

npk.aov <- aov(yield ~ block + N*P*K, npk)
model.tables(npk.aov, "means", se = TRUE)

Интересно, как получить обобщенные средние значения наименьших квадратов с их стандартными ошибками из объектов nlme или lme4:

library(nlme)
data(Machines)
fm1Machine <- lme(score ~ Machine, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Любой комментарий и подсказка будут высоко оценены. Спасибо


r lme4 mixed-models nlme lsmeans
person MYaseen208    schedule 02.12.2011    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
5
arrow_downward

lme и nlme соответствуют максимальному правдоподобию или ограниченному максимальному правдоподобию (последнее используется по умолчанию), поэтому ваши результаты будут основаны на любом из этих методов.

summary(fm1Machine) предоставит вам вывод, включающий средние значения и стандартные ошибки:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine 
               Value Std.Error DF  t-value p-value
(Intercept) 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB     7.96667  1.053883 46  7.55935       0
MachineC    13.91667  1.053883 46 13.20514       0
 Correlation: 
....irrelevant output deleted

Поскольку вы снабдили фиксированные эффекты перехватом, вы получите член перехвата в результате фиксированных эффектов вместо результата для MachineA. Результаты для MachineB и MachineC контрастируют с перехватом, поэтому, чтобы получить средние значения для MachineB и MachineC, добавьте значение каждого из них к среднему перехвату. Но стандартные ошибки — это не те, которые вам бы хотелось.

Чтобы получить нужную информацию, подгоните модель так, чтобы в фиксированных эффектах не было термина перехвата (см. -1 в конце фиксированных эффектов:

fm1Machine <- lme(score ~ Machine-1, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Затем это даст вам средства и стандартный вывод ошибок, которые вы хотите:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine - 1 
            Value Std.Error DF  t-value p-value
MachineA 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB 60.32222  2.229312 46 27.05867       0
MachineC 66.27222  2.229312 46 29.72765       0
....irrelevant output deleted
person Michelle    schedule 02.12.2011

arrow_upward
3
arrow_downward

Цитируя Дугласа Бейтса из

http://markmail.org/message/dqpk6ftztpbzgekm

«У меня есть сильное подозрение, что для большинства пользователей определение lsmeans — это «числа, которые я получаю от SAS, когда использую оператор lsmeans». Мое предложение для получения таких чисел — купить лицензию SAS и использовать SAS для соответствия ваши модели».

person Dieter Menne    schedule 02.12.2011