Вопросы по теме 'cox-regression'
Объект R типа «среда» не является подмножеством
Я делаю анализ выживаемости с интервальными цензурированными данными и пытаюсь использовать функцию intcox() из пакета incox для выполнения регрессии Кокса. Я уже провел часть анализа с помощью survfit(), и все работало нормально.
Когда я пытаюсь...
5422 просмотров
schedule
27.03.2024
Ожидается тип функции R predict.cox
Я использую модель Кокса для прогнозирования.
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + ph.ecog + strata(inst), lung)
predict(fit,type="expected")
В документе predict.coxph говорится, что ожидаемый тип — это «ожидаемое количество событий с...
1992 просмотров
schedule
13.10.2023
Логранговый тест для определенных групп с помощью регрессии Кокса
У меня есть набор данных выживания. Я хотел бы провести логарифмический тест для лечения, разбитого на 4 категории. Я не могу использовать команду survdiff() , потому что асимптотическое распределение этих статистических данных представляет собой...
681 просмотров
schedule
03.03.2023
ошибка пакета smcure
Я хотел бы выполнить анализ лечения, и когда я запускаю код ниже:
pd <- smcure(Surv(FAILTIME,FAILCENS)~trt+Age1 , cureform =~trt+Age1 ,data=saba, model="ph",nboot=1000)
Об этой ошибке сообщается:
Ошибка в rep(1, n): неверный...
133 просмотров
schedule
14.10.2023
newdata при построении кривой выживаемости регрессии Кокса в r
Я пытаюсь построить скорректированную кривую выживаемости, построив регрессию Кокса при использовании переменных взаимодействий.
читая страницу Survfit.coxph https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/survival/html/survfit.coxph.html я вижу...
1149 просмотров
schedule
05.02.2022
Как создать бинарный предитор из многомерной модели glmnet (coxnet)?
Давайте воспользуемся следующим примером:
генерировать данные о выживании (1000 образцов с 30 переменными)
library(glmnet)
library(survival)
set.seed(10101)
N=1000;p=30
nzc=p/3
x=matrix(rnorm(N*p),N,p)
beta=rnorm(nzc)
fx=x[,seq(nzc)]%*%beta/3...
469 просмотров
schedule
30.05.2022
Прогнозы Коксфа не соответствуют коэффициентам
Добрый день,
Я мог бы опубликовать воспроизводимый код и, конечно же, сделаю это, если все согласятся, что что-то не так, но сейчас я думаю, что мой вопрос довольно прост, и кто-то укажет мне правильный путь.
Я работаю с таким набором данных:...
915 просмотров
schedule
25.11.2023
Попытка указать тип predict.coxph в функции map2()
Последние несколько дней я рыскал в Интернете, просматривая документацию для map2. Я взял обучающий набор, вложил данные и создал для них модели coxph, сохранив эти модели во вложенной таблице. Теперь я хочу делать прогнозы по этой модели, но я хочу...
187 просмотров
schedule
21.11.2022
Значение соответствия модели Кокса отличается от c-индекса, рассчитанного по млр.
Если я тренирую модель Кокса, используя повторную выборку с 5-кратной перекрестной проверкой в mlr, значение для Concordance, которое выводится путем печати сводки модели Кокса для каждой кратности, отличается от значения для cindex, которое...
135 просмотров
schedule
10.06.2024
R - cox.zph() не возвращает значения ро, p-значения отличаются от примеров
Когда я запускаю cox.zph на модели Кокса, я получаю доход, отличный от того, что я вижу везде.
Я попытался запустить следующий код:
library(survival) #version 3.1-7
library(survminer) #version 0.4.6
res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~...
842 просмотров
schedule
31.05.2023
Как найти общее значение для основных эффектов в фиктивном взаимодействии с помощью anova()
Я запускаю регрессию Кокса с двумя категориальными переменными (x1 и x2) и их взаимодействием. Мне нужно знать значение общего эффекта x1, x2 и взаимодействия.
Общий эффект взаимодействия:
Я знаю, как узнать общий эффект взаимодействия с...
132 просмотров
schedule
07.12.2023
Получение нулевых P-значений в регрессии Кокса: R
Я студент, проводящий анализ выживаемости экспрессии генов в R. У меня есть данные экспрессии для 249 пациентов, и я использую 6000 генов, а также их время бессобытийной выживаемости и жизненное состояние в качестве переменных ответа. Когда я...
227 просмотров
schedule
01.09.2022
как я могу извлечь базовые опасности из функции coxPHFitter в Lifelines и коэффициенты для моих переменных
Ниже приведен пример кода, который я получил с веб-сайта документации. Я хочу получить доступ к исходным опасностям и коэффициентам переменных. '''
from lifelines import CoxPHFitter
from lifelines.datasets import load_rossi
rossi_dataset =...
269 просмотров
schedule
16.03.2023
Применение одномерной функции коксфа к нескольким ковариатам
Для столбцов набора данных у меня есть время, статус, лечение, пол, ИМТ. Я пытаюсь применить одномерную функцию coxph с ковариатами Лечение, Пол и ИМТ.
Это мой код:
univ_models <- lapply( univ_formulas, function(x){coxph(x, data =...
51 просмотров
schedule
03.04.2023
Как получить тест Уолда для конкретной переменной в многомерном Коксфе?
Я применил многомерную модель Кокса, используя пакет выживания R, как показано ниже:
library(survival)
data(lung)
res.cox1 <- coxph(Surv(time, status) ~ sex + ph.karno + wt.loss, data = lung)
res.cox1
Call:
coxph(formula = Surv(time, status)...
348 просмотров
schedule
18.05.2024
Различные результаты coxph с изменяющимися во времени коэффициентами между Stata и R
Я надеюсь, что кто-нибудь из вас сможет пролить свет на следующее. Я пытался воспроизвести модель Cox PH из Stata в R. Как вы можете видеть ниже, я получаю одинаковые результаты для моделей Cox PH без tvcs в обеих программах:
Стата Кокс PH модель...
69 просмотров
schedule
04.02.2023
