Вопросы по теме 'cytoscape'
Перенести макет из networkx в cytoscape
Я хочу использовать networkx для создания макета графика. Можно ли перенести этот макет в cytoscape и нарисовать его там? Я попытался просто написать график как
import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)...
8731 просмотров
schedule
26.10.2022
Настройка Eclipse для разработки плагинов Cytoscape в Windows
Позвольте мне начать с того, что я не очень опытный программист и был бы очень признателен, если бы вы могли полностью указать любые шаги, которые вы могли бы пропустить.
В настоящее время я нахожусь на начальных этапах разработки плагина для...
740 просмотров
schedule
15.08.2023
Как написать атрибуты элемента пространства имен с помощью LXML?
Я использую lxml (2.2.8) для создания и записи некоторого XML (в частности, XGMML). приложение , которое будет его читать, очевидно, довольно привередливое и хочет увидеть элемент верхнего уровня с:
<graph label="Test"...
11753 просмотров
schedule
07.11.2023
Сети импорта R и cytoscape
Я пробовал использовать пакет RCytoscape для экспорта сетей из R в cytoscape. Я пытался следовать документации, но безуспешно. Ниже приведены используемые мной команды:
data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <-...
1128 просмотров
schedule
14.03.2024
как сделать удовлетворительный макет для моих данных (сложная сеть) с помощью networkx или чего-то еще
Я хочу визуализировать свои данные. мои данные выглядят так: мой файл данных: https://gist.github.com/anonymous/5568836
4556 5092 0.7000
4556 4785 0.7500
4556 5397 0.7000
4556 5139 0.7500
4556 5937 0.8333...
814 просмотров
schedule
06.07.2023
cytoscape.js для PPI jsmol. Основное различие между cytoscape.js и cytoscape
Я хочу реализовать веб-приложение для PPI и 3D-структур. Кто-нибудь знает, лучше ли cytoscape.js чем cytoscape?
65 просмотров
schedule
02.11.2023
Axios не загружает данные в vue
Я пытаюсь загрузить график cytoscape, используя vue и axios. В любом случае не могу настроить cytoscape, поэтому я сначала попробовал только с axios и vue. По-прежнему проблема с прицелом, но я не могу понять, где? Что мне изменить? Как правильно...
651 просмотров
schedule
24.10.2023
Несколько сетей объединены в одну сеть в Cytoscape
У меня есть список генов (назовем его L), и я хочу увидеть, как они по-разному работают у трех разных видов (человека, рыбок данио и трески). Конечно, у трех видов не все гены из списка, кроме того, взаимодействия между генами у трех видов различны....
244 просмотров
schedule
25.05.2023
Отображение размеров узлов и добавление легенд в сети cytoscape
Я использовал пакет networkx в Python для создания нескольких сетей, каждая из которых представляет собой биологический эксперимент. Затем я экспортировал эти сети как файлы gml для визуализации в cytoscape и сравнения. В каждом файле у меня есть...
1498 просмотров
schedule
11.04.2022
настраиваемое изображение на каждом узле в cytoscape
Я хотел бы использовать Cytoscape, чтобы все глифы идеографического шрифта с множеством контекстных альтернатив и других дополнений были представлены в виде сетевого графа. Для меня критически важно иметь изображение глифа на каждом узле, чтобы...
456 просмотров
schedule
04.09.2023
Импорт данных из postgres в cytoscape
Я пытался загрузить некоторые данные ГИС из базы данных PostGIS в Cytoscape 3.6. Я пытаюсь получить некоторые значения inDegree и outDegree. Я использовал формат файла sif.
Если данные записаны в следующем формате
source_point \ tin...
115 просмотров
schedule
07.10.2022
Как установить верхнюю и нижнюю границы виджета panZoom в Cytoscape?
Я могу просто инициализировать объект:
ngOnInit() {
this.cy = cytoscapeService.cytoscape( Object.assign( {
container : this.el.nativeElement,
}, DATA_FLOW_CYTOSCAPE_CONFIG ) );
this.cy.panzoom( Object.assign(
{ minZoom...
289 просмотров
schedule
30.03.2024
Cytoscape: помощь в создании оператора IF с помощью конструктора функций
Я хотел бы создать функцию для заполнения и граничного столбца таблицы значениями, которая использует встроенный конструктор функций в Cytoscape. Проблема в том, что в списке всего 4 функции. В каждом руководстве показано множество доступных...
80 просмотров
schedule
30.08.2022
как создать узлы и ребра для списка генов сорго, используя идентификатор гена из Phytozome
Я использую Sorghum ID от Phytozome в своем RNAseq. Я хочу создать генную сеть с помощью цитоскейпа для определенного списка генов. К сожалению, я не мог использовать строку или другие инструменты, потому что идентификатор гена, который я...
28 просмотров
schedule
25.12.2023
Почему мои некоторые из моих больших сетей cytoscape невидимы?
Cytoscape version 3.7.2
MacOS 10.14.6
Processor 2.5GHz i7
Memory 16GB 2133MHz
Я новичок, так что извиняюсь, если это частый вопрос.
Я использовал Cytoscape для просмотра сетей String, перекрытых данными выражений. До сих пор он отлично...
41 просмотров
schedule
26.07.2023
Что такое «контейнерный» узел при слиянии нескольких сетей в Cytoscape?
Я объединил 190 сетей, полученных от KEGG, с помощью Cytoscape. Объединенная сеть имеет узел, называемый «контейнером», который очень сильно связан с несколькими другими узлами. «Контейнер» узла не происходит из исходных файлов пути. Что...
46 просмотров
schedule
18.04.2024
Cytoskape xgmml edge.color и вес края не применяются, как мне это изменить?
Я сделал файл .xgmml для загрузки в цитоскейп. В .xgmml у меня есть разные веса и цвета для краев (см. внизу файл .xgmml). Однако, когда я загружаю файл .xgmml в Cytoscape и применяю макет, края имеют одинаковый вес и цвет.
Как я могу применить...
31 просмотров
schedule
12.03.2022
Как заставить javafx WebView загружать ресурсы из файла jar
Я пытаюсь получить javafx.scene.web.WebView для загрузки ресурсов из файла jar, но он не хочет этого делать и не вызывает никаких значимых ошибок.
Файл jar представляет собой пакет OSGi, в частности пакет приложения (плагина) cytoscape .
Вот...
346 просмотров
schedule
03.05.2024
Как сгенерировать марковскую матрицу из приведенного ниже графика?
Я использую программное обеспечение CytoScape. У него есть возможность автоматически создавать кластер MCL, но у меня возникают трудности с просмотром связанной матрицы. Кто-нибудь знает, как получить это с помощью Cytospace?
кластер mcl,...
18 просмотров
schedule
09.11.2022
Половина путей, которые я пытаюсь загрузить, не имеют аннотаций узлов.
Я загружаю пути с WikiPathways, чтобы визуализировать данные об экспрессии белка. Некоторые пути загружаются нормально, однако некоторые (включая WP2572, WP51, WP306) не имеют аннотаций узлов. Я ничего не делаю по-другому при их загрузке, кто-нибудь...
21 просмотров
schedule
16.09.2022
