Вопросы по теме 'dna-sequence'
Методы рекурсии Perl?
Мне нужна небольшая помощь с этим кодом. Я знаю разделы, которые должны быть рекурсивными, или, по крайней мере, я думаю, что знаю, но не уверен, как это реализовать. Я пытаюсь реализовать программу поиска пути из матрицы выравнивания, которая...
2655 просмотров
schedule
16.08.2022
Рассчитать матрицу попарных различий для большого количества последовательностей?
Я хотел бы рассчитать количество попарных различий между длинным списком последовательностей и вернуть его в матричную форму.
У меня есть несколько сотен генетических последовательностей, и каждая последовательность уже выровнена и имеет одинаковую...
3401 просмотров
schedule
26.08.2023
Определение соотношения совпадений и несовпадений двух основных цепей?
Возможный дубликат: Как построить граф генов для последовательности ДНК, скажем, ATGCCGCTGCGC?
Я пытаюсь написать Perl-скрипт, который сравнивает две последовательности ДНК (скажем, по 60 символов в длину) в выравнивании, а затем...
198 просмотров
schedule
29.03.2024
Вычислить переходное замыкание
У меня есть данные о парных последовательностях ДНК, которые показывают сходство следующим образом.
AATGCTA|1 AATCGTA|2
AATCGTA|2 AATGGTA|3
AATGGTA|3 AATGGTT|8
TTTGGTA|4 ATTGGTA|5
ATTGGTA|5 CCTGGTA|9
CCCGGTA|6 GCCGGTA|7
GGCGGTA|10...
325 просмотров
schedule
14.02.2022
найти штрих-код ДНК с несовпадениями в последовательности
У меня 36-nt читается так: atcttgttcaatggccgatcXXXXgtcgacaatcaa в файле fastq, где XXXX — разные штрих-коды. Я хочу найти штрих-код в файле в точной позиции (от 21 до 24) и распечатать последовательности, содержащие до 3 несоответствий, а не...
1410 просмотров
schedule
26.09.2023
Алгоритм обхода сетки, собирающей как можно больше точек
Рассмотрим двумерную сетку m*n, в которой каждая ячейка может содержать либо 1, либо 0. Найдите наибольшее значение, которое может получить обход, перемещаясь по этой сетке. Значение можно увеличить, пройдя по диагонали через 1 ячейку. Обход сетки...
3070 просмотров
schedule
20.02.2023
Подсчет последовательностей ДНК с помощью python/biopython
Мой сценарий ниже подсчитывает количество вхождений последовательностей «CCCCAAAA» и «GGGGTTTT» из стандартного файла FASTA:
>contig00001
CCCCAAAACCCCAAAACCCCAAAACCCCTAcGAaTCCCcTCATAATTGAAAGACTTAAACTTTAAAACCCTAGAAT
Скрипт подсчитывает...
1173 просмотров
schedule
19.09.2022
Разделить элемент списка в python по пользовательскому индексу
У меня есть список под названием:
Фёрстсеквенсетосплит
и он содержит один элемент, который представляет собой последовательность ДНК, скажем:
'АТТТАГКТА'
Я могу легко вернуть длину этого элемента, чтобы пользователь знал, что он имеет...
218 просмотров
schedule
28.07.2022
Невозможно вывести файл: файл не создан
Я новичок в python и изо всех сил пытаюсь понять, почему моя программа не будет печатать, несмотря на все мои усилия понять ввод-вывод и обработку файлов.
Приведенный ниже код должен принять файл fastQ или fasta (для последовательностей ДНК или...
77 просмотров
schedule
05.02.2024
Perl: вернуть максимальное процентное совпадение для строк
У меня есть последовательность ДНК, например, ATCGATCG. У меня также есть база данных последовательностей ДНК, отформатированная следующим образом:
>Name of sequence1
SEQUENCEONEEXAMPLEGATCGATC
>Name of sequence2
SEQUENCETWOEXAMPLEGATCGATC...
398 просмотров
schedule
20.10.2023
зацикливание на парных чтениях end fastq
Как вы можете перебрать файл fastq с парным концом? Для чтения с одного конца вы можете сделать следующее
library(ShortRead)
strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz")
repeat {
fq <- yield(strm)
if (length(fq) == 0)
break...
450 просмотров
schedule
26.04.2024
Объединить несколько текстовых файлов последовательностей ДНК в Python или R?
Мне было интересно, как объединить файлы exon/DNA fasta с помощью Python или R.
Примеры файлов:
До сих пор мне очень нравилось использовать пакет R ape для метода cbind исключительно из-за атрибута fill.with.gaps=TRUE . Мне действительно нужны...
1403 просмотров
schedule
01.01.2023
Условная частота ДНК в R
Я пытаюсь найти, есть ли какая-либо условная зависимость в двух разных последовательностях ДНК в R
Это мой код, но я получаю сообщение об ошибке;
Error in `[.data.frame`(data, i) : undefined columns selected
Я не уверен, в чем проблема,...
86 просмотров
schedule
20.04.2022
Прочтите последовательность постов
Я пытался прочитать последовательность fasta, но почему-то она всегда пропускает последнюю последовательность.
Не могли бы вы помочь мне, что мне здесь не хватает. Вот код ниже.
import sys
fasta = []
test = []
with open("tests.fasta") as...
2504 просмотров
schedule
05.10.2022
Keras Conv1D на последовательности ДНК
Я хотел бы применить одномерную свертку к последовательности ДНК фиксированного размера, используя keras. Последовательность ДНК имеет длину 45 оснований. Каждая последовательность была закодирована горячим способом. Есть один фильтр с размером ядра...
308 просмотров
schedule
21.07.2023
Реализация алгоритма Смита-Уотермана для локального выравнивания в python
Я создал инструмент выравнивания последовательностей для сравнения двух цепочек ДНК (X и Y), чтобы найти наилучшее выравнивание подстрок из X и Y. Алгоритм кратко изложен здесь ( https://en.wikipedia.org)./wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm ). Я...
515 просмотров
schedule
20.07.2023
Код Perl для обратной комплементарности последовательности ДНК
Я пытался написать код на perl , чтобы получить обратное дополнение быстрых последовательностей ДНК в формате файла .fna. файл sequence02C.fna содержит сотни последовательностей ДНК:
>adbca3e...
87 просмотров
schedule
15.01.2024
