Вопросы по теме 'pbs'
PBS: запрос только одного ядра на узел без запроса всего узла
У меня есть процессы, которые необходимо распределить по кластеру, поддерживающему PBS, однако из-за ограничений процесса я могу одновременно запускать только один процесс на каждом узле. Каждый узел имеет два процессора, подход гетто состоял бы в...
584 просмотров
schedule
20.01.2023
Перемещает ли пакетная система PBS несколько последовательных заданий между узлами?
Если мне нужно запустить много последовательных программ «параллельно» (потому что проблема проста, но требует много времени — мне нужно прочитать много разных наборов данных для одной и той же программы), решение будет простым, если я использую...
4195 просмотров
schedule
16.05.2023
Запустите сценарий PBS и постобработайте вывод в сценарии bash.
У меня есть куча заданий для отправки в очередь PBS, и после этого выходные данные должны быть обработаны локально. Поскольку задания похожи (и я не хочу так часто менять их вручную), я написал себе сценарий bash, который локально генерирует сценарий...
871 просмотров
schedule
24.03.2023
Дождитесь завершения всех заданий пользователя перед отправкой последующих заданий в кластер PBS.
Я пытаюсь настроить некоторые bash-скрипты, чтобы они запускались на ( pbs ) кластер.
Отдельные задачи выполняются несколькими сценариями, которые запускаются основным сценарием. Пока что эти основные сценарии запускают несколько сценариев в...
6168 просмотров
schedule
07.12.2022
Задание PBS, возвращающее время в очереди и время выполнения
Я создаю веб-сайт, который генерирует задания PBS на основе ввода формы пользователем. Я также хотел бы сделать страницу, на которой пользователь может видеть статус определенного проекта. Это включает в себя такие вещи, как:
Дата подачи...
1259 просмотров
schedule
26.05.2023
Как получить информацию о выполненных заданиях PBS или Torque?
У меня есть идентификаторы выполненных работ. Как мне проверить его подробную информацию, такую как время выполнения, выделенные узлы и т. д.? Я помню, что у SGE есть команда для этого (qacct?). Но я не смог найти его для PBS или Torque. Спасибо.
7926 просмотров
schedule
17.08.2023
Настройте кластер крутящего момента / moab для использования нескольких ядер на узел с одним контуром
Это продолжение на [ Как настроить кластер doSNOW и SOCK с планировщиком Torque / MOAB?
У меня есть сценарий с ограничением памяти, который использует только 1 цикл foreach , но я бы хотел, чтобы 2 итерации выполнялись на node1 и 2 итерации...
742 просмотров
schedule
21.12.2022
Запускайте независимые задания параллельно на нескольких серверах с балансировкой нагрузки.
У меня есть несколько задач по обработке чисел, которые я запускаю параллельно в кластере. Прямо сейчас я использую make -j для выполнения нескольких заданий на одном компьютере, обеспечивая при этом некоторую балансировку нагрузки — некоторые...
797 просмотров
schedule
26.08.2023
Torque / OpenMPI динамически выделяет узлы в зависимости от количества процессоров
Мне было интересно, достаточно ли умен Torque, чтобы назначить правильное количество узлов в зависимости от того, сколько ядер MPI вы запрашиваете. Для нашего кластера у нас есть разнородные узлы, и может быть довольно расточительно просто указать...
410 просмотров
schedule
01.01.2022
Как получить прошедшее время кучи заданий PBS Torque?
Я использую PBS Torque для выполнения нескольких заданий. Идея проста: каждое задание работает с фрагментом данных. Скрипт PBS_Torque job_script для запуска задания называется run_appli.sh
Вот простой код (код 1) для запуска 10 заданий
for...
744 просмотров
schedule
13.11.2023
Команда для запуска задания исключительно на одном экземпляре в планировщике cfncluster-SGE
Я хотел бы отправить задание исключительно на один узел в cfncluster, используя параметр qsub планировщика SGE. Кто-нибудь знает, как правильно зарезервировать или использовать полный экземпляр для задания в cfncluster.
qsub -l hostname=node@123...
780 просмотров
schedule
30.04.2023
PBS: Может ли последовательное задание с большим объемом памяти использовать память более чем одного узла?
Я новичок в высокопроизводительных вычислениях, я пытаюсь запустить последовательное задание, для которого требуется около 80 ГБ памяти. Однако общая память, доступная для одного узла, составляет всего 12 ГБ для нашего кластера (кластер нашей...
97 просмотров
schedule
19.03.2023
Отправить массив в скрипт pbs
У меня есть скрипт bash, который вызывает qsub с несколькими переменными:
group=group_1
normals=$(IFS=,; echo *.txt)
qsub -v VAR1=$group,VAR2=${normals[@]} [...] run_script.pbs
run_script.pbs
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l...
149 просмотров
schedule
13.02.2023
qsub: можно ли использовать оба параметра -k и -o?
Недавно мне пришлось перейти с вычислительного кластера с LSF (bsub) на тот, который использует Torque (qsub).
В предыдущем кластере я смог проверить свои задания на лету с помощью команды bpeek .
На новом кластере эта команда недоступна (ни...
108 просмотров
schedule
02.03.2023
Проверьте путь к запущенному скрипту в планировщике заданий PBS.
Я хотел бы проверить, где находится сценарий, который в настоящее время работает на моей платформе HPC. Я знаю, что могу получить имена заданий с помощью команды qsub , которая запрашивает:...
327 просмотров
schedule
09.11.2023
Отправка пользовательского сценария задания в PBS через Dask?
У меня есть сценарий задания PBS с исполняемым файлом, который записывает результаты в файл out .
### some lines
PBS_O_EXEDIR="path/to/software"
EXECUTABLE="executablefile"
OUTFILE="out"
### Copy application directory on compute node
[ -d...
223 просмотров
schedule
28.12.2023
Snakemake не распознает сбой задания из-за тайм-аута с кодом ошибки -11
Были ли у кого-нибудь проблемы с змейкой, узнав, что работа просрочена. Я отправляю задания в кластер, используя qsub с тайм-аутом, установленным для каждого правила:
snakemake --jobs 29 -k -p --latency-wait 60 --use-envmodules \
--cluster...
75 просмотров
schedule
17.03.2023
