Вопросы по теме 'vegan'
Редкость, матрица сообществ и циклы for
Я новый пользователь R, поэтому заранее прошу прощения за свое невежество. У меня есть матрица сообщества потоковых данных о макробеспозвоночных (графики в виде заголовков строк и видов в виде заголовков столбцов). Я хотел бы сузить данные до 500...
1728 просмотров
schedule
06.02.2022
Включение стрелок на графике NMDS в пакете R vegan
Я использую веганский пакет, чтобы построить NMDS в R, анализируя сходство сообщества. Это основано на матрице сообщества, которая включает различные методы лечения:
NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)
Может ли...
2160 просмотров
schedule
10.12.2022
использование Adonis для сравнения с матрицами расстояний
У меня есть 2 две матрицы несходства. Один со сравнением наблюдаемых данных по 111 сайтам, а другой сгенерирован с использованием нулевой модели.
Я хотел бы использовать функцию adnois в vegan , чтобы проверить, значительно ли отличаются...
1341 просмотров
schedule
21.10.2022
Пользовательская функция, основанная на step(), дает: Ошибка в eval (expr, envir, enclos): объект «X» не найден
Я пытаюсь создать функцию, которая охватывает функцию ordiR2step() из пакета vegan . Эта функция основана на функции step() .
Это код, который отлично работает вне функции:
install.packages("vegan")
require(vegan)
data(mite)...
576 просмотров
schedule
12.05.2024
Ограниченная перестановка (перестановка) не выполняется с использованием shuffleSet и запускается с использованием перемешивания
Я делаю PRC, используя веганский пакет, но сталкиваюсь с проблемами, когда пытаюсь выполнить Anova по результатам. Я получаю следующее сообщение об ошибке:
Error in doShuffleSet(spln[[i]], nset = nset, control) :
number of items to replace is...
180 просмотров
schedule
19.02.2022
Интерпретация metaMDS прокруцирует вращение
Вращает ли функция metaMDS в vegan решение ординации так, чтобы первая ось объясняла наибольшую дисперсию? Если нет, есть ли способ добиться этого?
Run 20 stress 0.09957583
... Procrustes: rmse 0.0001349268 max resid 0.0009665635
......
546 просмотров
schedule
26.01.2023
Р: два, казалось бы, одинаковых набора данных, но один работает, а другой нет?
R версия 3.3.2 (31 октября 2016 г.). Используемые пакеты: vegan, plyr и bmble.
У меня есть два очень больших набора данных. Назовем их df1 и df2 . Каждый выглядит так:
Taxon Sam1001 Sam1002
Bacteria01 0.25 0...
65 просмотров
schedule
15.10.2023
Невозможно оценить стандартные ошибки, связанные с веганской функцией fisher.alpha
Все документы, связанные с BiodiversityR и Vegan, предполагают, что аргумент se=TRUE можно использовать для оценки стандартных ошибок при вычислении индекса альфа-разнообразия Фишера. Но я не могу получить эти значения на выходе? Кто-нибудь...
69 просмотров
schedule
07.09.2022
Как построить nmds с цветными точками / символами на основе SIMPROF
Привет, я пытаюсь построить свои nmds данных сборки, которые находятся в матрице несходства bray-curtis в R. Я смог применить ordielipse (), ordihull () и даже изменить цвета на основе групповых факторов, созданных cutree () из hclst ()
например,...
991 просмотров
schedule
06.09.2022
Функция Ordistep от веганской ошибки на больших RDA
Я запускал функцию ordistep по результатам RDA по матрице обилия видов и большому количеству PCNM.
вот код, который я использовал. Chr — это числовой вектор от 1:23 для циклического прохождения различных экспериментов, а filter.na удаляет...
242 просмотров
schedule
15.07.2022
Ярлыки R vegan envfit не перемещаются со стрелкой.
Я делаю график ординации NMDS в R с векторами окружающей среды с помощью envfit, и у меня отсутствуют значения в некоторых из моих переменных среды. Чтобы не исключать все строки из всех переменных, содержащих пропущенное значение в одной переменной...
745 просмотров
schedule
12.03.2024
Как изменить графические параметры графика ордиэллипса? График Ордиэллипса обрезает данные
График Ордиэллипса, часть эллипсов показана в левом нижнем углу, другая информация не отображается
Я пытаюсь создать график NMDS с данными о видах пчел, сгруппированными по наличию/отсутствию мин. В следующей строке кода beematrix=обилие видов...
107 просмотров
schedule
06.02.2023
Data.frame после транспонирования и data.frame по-прежнему дает переменные как нечисловые
Я обнаружил, что борюсь с импортом данных для дальнейшего анализа nMDS и Bioenv с помощью «vegan» и «ggplot2». У меня есть фрейм данных «Taxa», который выглядит так (значения означают, что он «числовой». —
голова (таксы)
X1...
551 просмотров
schedule
11.01.2024
Как вы масштабируете переменные и измеряете расстояние от координаты CCA до центроида в веганском языке?
Я новый студент в лаборатории биоинформатики, пожалуйста, не стесняйтесь поправлять меня, если что-то не так.
Я сделал CCA, используя веганский пакет в R со следующим скриптом:
cca.analysis <- cca(mod ~ genus1 + genus2 + genus3, data)
В...
132 просмотров
schedule
16.04.2024
График ординации NMDS
У меня есть данные о скоплениях гнездящихся птиц из карьеров и известняковых пастбищ, и я хочу отобразить их на диаграмме распределения НМДС вместе с параметрами окружающей среды в качестве векторов. Как мне убрать теги видов? Я использую веганский...
644 просмотров
schedule
27.11.2022
Проблемы с пониманием ограниченной ординации в анализе избыточности (RDA) с веганским пакетом
Следуя предложению рецензента, я анализирую данные о функциональных признаках с помощью анализа избыточности (RDA). Это первый раз, когда я использую этот метод, поэтому у меня есть некоторые проблемы с пониманием его тонкостей.
Мои данные имеют...
151 просмотров
schedule
06.09.2022
График NMDS в R: как нанести на график виды разными цветами, а участки - разными формами?
Я выполняю nmds в R, используя metaMDS из веганского пакета. У меня 8 переменных и два сайта. Я не знаком с редактированием графики и не знаю, как настроить свой сюжет. Мне удалось изменить цвета в зависимости от сайта, но я бы хотел (и...
293 просмотров
schedule
12.06.2023
В чем разница между результатом envfit vegan с использованием функции оценок и извлечением векторов?
В чем разница между векторами (fit $vectors), полученными из функции envfit вегана (пакет R) и извлеченными с помощью (функция оценок):
library(vegan)
data(varespec, varechem)
ord <- metaMDS(varespec)
fit <- envfit(ord, varechem, perm = 999)...
29 просмотров
schedule
23.03.2024
