Как использовать lme4.0 с lmerTest?

Мне интересно, сталкивался ли кто-нибудь с этой проблемой раньше. Я использую пакет lmerTest для запуска моделей смешанных эффектов в R, потому что он имеет удобный способ предоставления p-значений. Этот пакет по умолчанию загружает самую последнюю версию пакета lme4. Однако в текущей lme4 версии есть некоторые проблемы и иногда он не сходится, поэтому разработчики lme4 сделали доступным новый пакет (названный lme4.0), который представляет собой версию старого до 1.0 lme4 с исправлениями ошибок. Это прекрасно работает, и модели обычно сходятся, поэтому я использую это для анализа своих данных.

Я хотел бы иметь lmerTest, но загружать lme4.0 вместо текущей версии lme4. Кто-нибудь знает, как этого добиться?

Спасибо за вашу помощь!


r lme4
person Sol    schedule 10.05.2014    source источник
comment
lmerTest зависит от lme4. Вы не можете использовать его с lme4.0. Если вы наблюдаете проблемы с конвергенцией, вы должны сообщить об этом разработчикам lme4. Однако вполне может быть, что проблема связана с вашей моделью и данными.   -  person Roland    schedule 10.05.2014
comment
@Roland: Спасибо за комментарий. Я должен был уточнить, что та же самая модель, которая не сходится, когда я использую текущую версию lme4, прекрасно сходится при использовании lme4.0.   -  person Sol    schedule 10.05.2014
comment
Это может сходиться, но проверяли ли вы, хорошо ли ведет себя модель в lme4.0?   -  person Roland    schedule 10.05.2014
comment
Еще два вопроса: (1) равны ли предупреждения о конвергенции, которые вы получаете, довольно долго обсуждаемым (на [email protected]) ложным срабатываниям в последних версиях lme4? (2) Получаете ли вы одинаковые оценки параметров в lme4.0 и lme4 (какую версию lme4 вы используете?) Если да, то вы могли бы также использовать lme4.   -  person Ben Bolker    schedule 10.05.2014
comment
@BenBolker: (1) да, они есть... Вот почему я не хотел вдаваться в детали моделей здесь, поскольку я много читал о них в списке r-sig-mixed (2) да, в большинстве случаев они очень похожи (я использую самую последнюю версию lme4 на CRAN).   -  person Sol    schedule 10.05.2014
comment
PS Что касается ссылки, которую вы даете: я попросил воспроизводимые проблемные примеры, чтобы мы могли проверить, были ли они решены нашими последними изменениями (самое главное изменение оптимизатора по умолчанию), но до сих пор не не получил никакой обратной связи.   -  person Ben Bolker    schedule 10.05.2014
comment
В таком случае, почему бы просто не использовать lme4? Или установить последнюю (разрабатываемую) версию пакета, подавляющую ложноположительные предупреждения? (Если вы не можете использовать devtools::install_github для установки напрямую из Github, сообщите мне вашу ОС, и я смогу опубликовать двоичный файл на http://lme4.r-forge.r-project.org/repos ..)   -  person Ben Bolker    schedule 10.05.2014
comment
Я думаю, что если вы хотите использовать lmerTest с lme4.0, вам придется загрузить более старую версию lmerTest и взломать ее, чтобы ожидать lme4.0, а не lme4.   -  person Ben Bolker    schedule 10.05.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

На самом деле это невозможно без серьезного взлома: по сути, возьмите более старую версию lmerTest, загрузите исходный код, взломайте ее, чтобы найти lme4.0, а не lme4, и установите локально. Или загрузите (из архивов CRAN) и установите более старые версии lme4 и lmerTest (и pbkrtest: поддерживать архаичную установку будет все сложнее, и вам придется отказаться от исправления ошибок по мере их появления в более новых версиях).

Поскольку многие проблемы с новым lme4 были устранены с помощью переключения оптимизаторов по умолчанию с Nelder-Mead на BOBYQA, я бы посоветовал провести ряд сравнений между lme4.0 и lme4, убедить себя, что проблем нет (и отправить информацию о постоянных проблемах lme4 сопровождающим, которые будут очень благодарны!), и переходим к новой версии.

person Ben Bolker    schedule 12.05.2014