R markdown / bookdown - как перейти на статьи?

Входные данные

Я подготовил пример файла Rmd со ссылками на рисунок, таблицу и уравнение, установив в качестве вывода bookdown :: pdf_document2. Компилируется без ошибок в PDF.

Я разместил его в Dropbox: https://www.dropbox.com/sh/zmu0a4wq95ywssv/AAD-nHlkDiLknLk2NVR4Xup3a?dl=0

Вопрос

Теперь я хочу установить в качестве выходного формата «статьи :: elsevier_article».

Как я могу это сделать?

Проблема

Когда я меняю строку вывода с: bookdown :: pdf_document2 на статьи :: elsevier_article

Я получаю сообщение об ошибке.

Даже если я удалю из вывода другие параметры:

TriedToSwitch

Я все еще получаю сообщение об ошибке:

! Undefined control sequence.

r knitr bookdown
person matandked    schedule 18.02.2017    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
3
arrow_downward

Знаки с диакритическими знаками при вводе «как есть» не работают с elsevier_article. См. Предложения ниже.

Открытый документ

Вот простой документ с использованием rticles::elsevier_article:

---
title: "Sample document"
author: 
  - name: "Mateusz Kędzior"
    affiliation: Some Institute of Technology
    email: [email protected]
    footnote: Corresponding Author
  - name: Żąćł Źęń    
csl: https://www.zotero.org/styles/geoderma
output:
  rticles::elsevier_article:
    citation_package: natbib
    keep_tex: yes
    number_sections: yes
    toc: no
keywords: keywordA, keywordB
abstract: This is a sample abstract \newline This is the second line of abstract.
---

Hello world.

который без жалоб отдает:

введите здесь описание изображения

Справка с акцентами

Теперь мы хотим добавить ссылку с акцентами. Следуем ответу здесь: https://tex.stackexchange.com/questions/57743/how-to-write-%C3%A4-and-other-umlauts-and-accented-letters-in-bibliography. Я импортировал вашу библиографию в Zotero, а затем экспортировал элемент в кодировке "Центрально-европейская (ISO)" (не UTF-8), чтобы получить

@article{kedzior_this_2018,
    title = {This is sample title only {\k A} {\L }},
    volume = {99},
    url = {http://megooglethat.com/},
    journal = {Some journal},
    author = {K{\k e}dzior, Mateusz and {\'Z}{\k e}{\'n}, {\.Z}{\k a}{\'c}{\l }},
    year = {2018},
    keywords = {keywordC},
    pages = {21 -- 31}
}

Документ R Markdown теперь становится

---
title: "Sample document"
author: 
  - name: "Mateusz Kędzior"
    affiliation: Some Institute of Technology
    email: [email protected]
    footnote: Corresponding Author
  - name: Żąćł Źęń    
csl: https://www.zotero.org/styles/geoderma
output:
  rticles::elsevier_article:
    citation_package: natbib
    keep_tex: yes
    number_sections: yes
    toc: no
biblio-files: bibliography2.bib
keywords: keywordA, keywordB
abstract: This is a sample abstract \newline This is the second line of abstract.
---

## Citations and references

Let me cite an article: [@kedzior_this_2018]

# References

Затем я knit обработал это в RStudio, но понял, что мне нужно получить результат tex и перестроить его (вне RStudio), чтобы получить желаемый результат введите описание изображения здесь

Другие проблемы

Для акцентированных символов в подписях к рисункам закодируйте их соответствующим образом (как в библиографии). Вы можете найти http://w2.syronex.com/jmr/latex-symbols-converter полезно. Кроме того, насколько мне известно, перекрестные ссылки в стиле bookdown не работают с rticles. Если у вас есть дополнительные вопросы, вы можете получить более полезные ответы, если разбите свой вопрос на более мелкие части.

person Weihuang Wong    schedule 19.02.2017
comment
Есть много проблем с документом R Markdown - ›Я думаю, что эта часть вашего ответа подсказывает читателю, что мой документ вообще не работает. Что неверно, он компилируется без ошибок, когда вы устанавливаете в качестве вывода pdf_document2. Я думаю, что если акцентированные символы не являются основной проблемой, но в основном весь документ должен быть существенно изменен, будет лучше просто ответить, что статьи несовместимы с pdf_document2. - person matandked; 19.02.2017
comment
Справедливо, я отредактировал свой ответ, чтобы уточнить. Я не знаю, обязательно ли rticles несовместим с pdf_document2. Но верно, что библиография и подписи должны быть правильно закодированы, когда используется шаблон Elsevier. - person Weihuang Wong; 19.02.2017
comment
Спасибо! Я принял твой ответ. Я помню, что когда у меня была проблема с акцентированными символами и при подготовке статьи, я использовал некоторую библиотеку в моем документе LaTeX напрямую, чтобы добавить поддержку символов UTF-8 ... Но знаете, я хочу подготовить всю свою работу прямо в Rmd - person matandked; 19.02.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

Я добавил немного обновленного материала в комментарий https://github.com/rstudio/rticles/issues/92#issuecomment-402784283, где говорится (может быть обновлено):

output: 
  bookdown::pdf_document2:
    base_format: rticles::elsevier_article
    number_sections: yes

так, как я работал с этой работой, я использовал pdf_book вместо pdf_document2:

output:
  bookdown::pdf_book:
    base_format: rticles::elsevier_article
    number_sections: yes

Это позволяет ссылаться на рисунки и таблицы в rticles документе.

person John M    schedule 22.02.2019