У меня есть данные, которые всегда входят в блок из четырех в следующем формате (называемом FASTQ): @SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN +SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36...

Я работаю над файлами последовательностей ДНК (файл FASTQ). @Read1- ХОРОШО NAAAGTGAGATTCGAAATAAATACATCTGTGGCTTCACTTTGAACGGAACGATGTTCTCGTAT + 1D=DDADEHHHHHIGIJJJJGGFGHIHIJJIJJJJJIIIIGG99BDGHHHEGHJJIHHJJGIH @Read2- Имеет 2 плохих места...

@solved C# с тем же кодом в два раза быстрее я разбираю файл phred33 fastq в perl, и это занимает значительное количество времени (порядка 15 минут). Файл fastq весит около 3 гигов. Есть ли разумные способы сделать это быстрее? $file=shift;...

У меня 36-nt читается так: atcttgttcaatggccgatcXXXXgtcgacaatcaa в файле fastq, где XXXX — разные штрих-коды. Я хочу найти штрих-код в файле в точной позиции (от 21 до 24) и распечатать последовательности, содержащие до 3 несоответствий, а не...

Я новичок в написании сценариев оболочки, и я весь день пытался понять, как выполнить команду «для». По сути, я пытаюсь сделать следующее: У меня есть файл list.txt с кучей имен: name1 name2 name3 для каждого имени в списке есть два...

У меня есть куча файлов fastq в каталоге, и я хочу обрезать последовательность на 2 нуклеотида и качество (если чтение имеет 51 пару оснований и заканчивается CTG или TTG). вот что я написал как сценарий оболочки, но я получаю некоторые ошибки,...

У меня очень простой вопрос, но я не могу найти решение. У меня есть несколько файлов в одном каталоге, и я хотел бы объединить каждую пару файлов. Имена: Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq Sample2_R1_L001.fastq Sample2_R2_L001.fastq...

Моя цель — извлечь фрагменты данных из файлов Fastq секвенирования генома и нанести их на график. Я хотел бы получить идентифицирующую информацию для каждого чтения последовательности, а затем две части информации о прочтении. Ниже я вставил два...

Я хочу добавить код в следующий скрипт, чтобы удалить эти пустые выходные файлы. Сценарий преобразует один файл fastq или все файлы fastq в папке в формат fasta, все выходные файлы fasta сохраняют одно и то же имя файла fastq; скрипт предоставляет...

Как вы можете перебрать файл fastq с парным концом? Для чтения с одного конца вы можете сделать следующее library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0) break...

У меня возникли проблемы с использованием awk NR==FNR для возврата интересующих строк из входного файла .fastq. У меня есть следующий пример входного файла с именем example.fastq @SRR1111111.1 1/1...