При работе с данными филогенетического дерева в R (особенно при работе с объектами "phylo" или "phylo4") было бы полезно нормализовать длину ветвей, чтобы определенные таксоны (те, которые развиваются быстрее) не вносили непропорционально большую...

Я хотел бы создать двудольные сети в R. Например, если у вас есть data.frame двух типов видов (которые могут взаимодействовать только между видами, а не внутри видов), и каждый вид имеет значение признака (например, размер «пасть в хищнике» позволяет...

У меня есть следующий скрипт в файле (назовем его "temp.R"): library(ape) tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5) bd.time(tree, 0, 0) Когда я запускаю Rscript temp.R , я получаю некоторые результаты: $par birth death 0.5289875...

Когда я вычисляю загрузочное дерево в R, я получаю значения, отличные от тех, которые используются при использовании PAST ( http://folk.uio.no/ohammer/past/ ). Как я могу получить результат, соответствующий двум программам? Вот что я делаю в R...

:) У меня есть вопрос, на который личным поиском не нашел ответа. Я хотел бы создать тепловую карту с категориальными переменными (немного похожую на эту: тепловая карта -подобный сюжет, но для категориальных переменных ), и я хотел бы добавить...

У меня проблема с экспортом объектов BioPython Tree (из Bio.Phylo ) со значениями начальной загрузки. Деревья создаются непосредственно в моем сценарии BioPython на основе матриц расстояний. Деревья в основном выглядят хорошо, но когда я...

Я получаю сообщение об ошибке при использовании модели ARD функции ace в R. Ошибка Ошибка в float.pie.asp(XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol) : float.pie: значения x не должны быть отрицательными library(ape)...

Я пытаюсь упорядочить строки фрейма данных на основе меток подсказок, найденных в филогенетическом дереве. Я собирался сделать это, используя функцию match , аналогичную ответу от этот вопрос , однако я застрял, потому что свойство tip.label...

Я пытаюсь прочитать филогенетическое дерево и растянуть его ветви, чтобы они были больше или меньше оригинала, но я не нашел, как это сделать. Натяжка должна быть на самом дереве, а не на его визуализации. Например, следующий код считывает дерево...

Это код, который я использую, он создает сводку статистических тестов, которые меня интересуют. library(ape) library(geiger) library(caper) taxatree <- read.tree("newicktest.tre") LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")...

Рассмотрим следующий набор данных: fictional.df <- data.frame(L1 = c(0,0,0,0,0,0,0,0), L2 = c(0,1,0,0,0,1,1,0), L3 = c(1,1,0,1,1,1,1,1), L4=c(0,0,1,1,0,0,0,0)) Я...

Я пытаюсь найти способ построить дерево передачи болезней, которое позволит мне: построить дерево на временной шкале (временная шкала, охватывающая 2 месяца) укажите форму и цвет узлов в дереве (например, чтобы вы могли легко определить, какие...

Я читаю дерево ( .nex ), преобразую его в класс dendro и рисую, используя ggdendrogram из ggplot2 . Как разместить метки подсказок рядом с подсказками в дендрограмме, а не внизу? mytree <- read.nexus('mytree.nex') den_data_mytree <-...